Толерантны: Недопустимое название — Викисловарь

Содержание

Вам на что толерантности не хватает? – Власть – Коммерсантъ

Одной из причин погромов в Бирюлево политики назвали недостаток в обществе толерантности.

«Меня выводят из себя непрофессионализм и дилетантизм. Профессионалов практически нет. Работу дают тем, кто дешево стоит. Мы стали заложниками рынка»

Борис Клюев, актер


Не могу быть терпимым к излишней уверенности, спокойствию. Не уверен, что вообще способен чувствовать себя комфортно. Никогда не смогу смириться с жестокостью. Она не может быть оправдана никакими целями, идеологией. Людей, которые пошли искать виноватых, нельзя оправдать.

Вячеслав Тимченко, первый заместитель руководителя фракции «Единая Россия»


Процентов на 90 мне хватает — за рюмкой, по сути дела, могу ужиться со всеми и вытерпеть любого. Впрочем, нет — Жириновского не могу переносить ни трезвым, ни пьяным. А толерантность существует не сама по себе — это производная от культуры.

И с этим у нас сегодня хуже, чем с долларами.

Евгений Сапиро, экс-министр региональной и национальной политики


На окружающую глупость. В толерантности главное — мера, хотя, когда ее много, это лучше, чем мало. Штаты научились толерантности, за последние 50 лет ее стало гораздо больше. В чем-то даже слишком. А до бирюлевских событий я не представлял себе объема проблемы. Я думал, что парижский пригород Сен-Дени — это уникальная ситуация, возникшая по недосмотру или недомыслию властей, но, оказывается, разговоры о возникновении и у нас подобных районов не так уж далеки от реальности.

Игорь Коган, заместитель председателя совета директоров Нордеа-банка


Само слово «толерантность» и концепцию толерантности я считаю глубоко порочными. Есть хорошее понятие «веротерпимость» — она в России всегда была и, надеюсь, будет. Есть хорошее понятие «мир». Но у нас не должно быть никакой толерантности к таким явлениям, как хамство и варварство приезжих, теневая экономика на труде мигрантов и связанная с ней коррупция.

Всеволод Чаплин, протоиерей


Стараюсь, чтобы на все хватало. Внутренне я не всегда толерантен, но, когда меня что-то раздражает, я стараюсь схватить себя за язык. Когда говорят, что ксенофобия — это естественно, это правда. Но это так же естественно, как публично раздеться, когда жарко, или не сдержать позывы кишечника. Человек цивилизованный тем и отличается от нецивилизованного, что он это подавляет. Я нетолерантен, как, думаю, и все. Но в социальном поведении, надеюсь, толерантности хватает.

Лев Рубинштейн, поэт


Я военный человек, меня ничто не раздражает. Я среди всех этих народов прожил 25 лет во время службы. Но, когда они наглеют и ведут себя неподобающе, начинаешь раздражаться. И никакие центры толерантности не помогут. Надо сделать так, чтобы они жили не по-скотски, работали, медстраховку имели, а главное, чтобы в расчетах был ликвидирован черный нал.

Михаил Сорокин, генерал-лейтенант, с 2001 по 2011 год член Совета федерации


Говорить сейчас о толерантности — все равно что рассуждать о Шопене на процессе 1937 года. Не могу спокойно смотреть на глупость тех, кто считает, что педалирует общественные темы, а на самом деле задействован втемную в межклановых разборках. На публику, которая занимается ксенофобскими делами. Это люмпенизированные обыватели, которых вид человека не их породы ломает и вызывает агрессию.

Гейдар Джемаль, председатель Исламского комитета


Вообще я толерантен, хотя есть вещи, которые мне могут не нравиться. Но я не буду бить витрины. Я хочу, чтобы власти внимательнее занимались миграционными вопросами и не давали поводов народу устраивать сходы и беспорядки.

Павел Буре, хоккеист, чемпион СССР


К власти я нетолерантен. Бирюлево может повториться везде. Еще в 2005 году я предлагал Лужкову создать Торговый дом Кубани, Торговый дом Сибири, Торговый дом Дальнего Востока и т. д. И что? Кому выгодно, чтобы мигранты трудились за копейки? Власть не хочет разорвать этот порочный круг. Нужно спросить с тех, кто отвечает за экономику страны: как они допустили, что столько мигрантов трудится в Москве?

Николай Харитонов, председатель комитета Госдумы по региональной политике


К любой агрессии у меня мало толерантности. Народный сход на почве этнопреступления может дать ощущение, что националисты и фашисты правы. Меня возмущает, что правоохранители и власть не хотят признать свою вину. Вместо того чтобы уволиться, они ищут зачинщиков.

Виктор Ерофеев, писатель


Я абсолютно толерантный человек. У меня один Бог, а все люди равны перед Богом. Но я не смирюсь, пока в государстве нет демократии и чиновники воруют. Как я, офицер, Герой России, могу быть к этому толерантным? И к преступникам, подобным Зейналову, я отношусь нетерпимо — такие, как он, должны исчезнуть.

Магомед Толбоев,летчик-испытатель, Герой России


На воровство, хамство, вранье про советскую власть. В национальном вопросе я очень толерантен, а к националистам отношусь с сожалением. Но бороться нужно с властью, она их провоцирует.

Валерий Рашкин, первый зампред комитета Госдумы по делам национальностей (КПРФ)


На дискриминацию и глупость. Масштаб волнений в Бирюлево меня поразил. Возмущение людей оправданно, но не насилие. Только у государства есть право на насилие — граждане ему это право делегировали.

Сергей Андреев, мэр Тольятти


Меня выводят из себя непрофессионализм и дилетантизм. Профессионалов практически нет. Работают те, кто дешево стоит. Мы стали заложниками рынка.

Борис Клюев, актер

ВОПРОС НЕДЕЛИ / ВОСЕМЬ ЛЕТ НАЗАД*


Как вы русских отличаете?

Минрегион подготовил концепцию национальной политики, провозгласив создание новой общности «российский народ» при «консолидирующей роли русского народа».

По широте натуры. Русский всегда готов прийти на помощь и воспринимает по-доброму исламскую культуру.

Мурат Зязиков, президент Ингушетии


По языку: если человек говорит по-русски, значит, он на нем думает. Мне ничто не мешает быть русским евреем, и я не вижу ничего плохого в консолидации вокруг русской нации.

Евгений Сатановский, директор Института изучения Израиля и Ближнего Востока


Знакомый немец говорил, что русские, выходя из туалета, поправляют штаны на ходу, а не в кабинке.

Алексей Митрофанов, депутат Госдумы (ЛДПР)


Они говорят по-русски. Вокруг чего России сплачиваться — там все русские. А сплачиваются обычно вокруг пивного ларька.

Гарик Сукачев, музыкант


По державному замыслу, верховенствующему поведению и желанию держать всех в подчинении.

Юнус Камалутдинов, председатель Всетатарского общественного центра

*Должности указаны на момент опроса.

«Будем толерантны!»

Международный день толерантности объявлен ЮНЕСКО в 1995 году (16 ноября) по случаю 50-летнего юбилея этой организации и принятия Декларации принципов терпимости государствами – членами ЮНЕСКО. Согласно Декларации принципов толерантности 1995 года, толерантность понимается как «уважение, принятие и правильное понимание богатого многообразия культур нашего мира».

Толерантность определяется Декларацией как «гармония в многообразии». В связи с этим принцип толерантности требует терпимого отношения к любому человеку иной этнической, расовой, религиозной, языковой, социальной, сексуальной принадлежности, терпимость к инвалидам и людям, исповедующим иные политические взгляды. Толерантность – одно из необходимых качеств человека. Это способность понять и принять других, не похожих на нас, но от этого не ставших хуже, чем мы, это уважение человеческой личности просто потому, что перед нами ЧЕЛОВЕК. В Бобылевской библиотеке к этой дате представлена тематическая выставка «Будем толерантны!»

Произведения, представленные на выставке, ориентированы на развитие общечеловеческих ценностей: милосердия, честности, благородства, патриотизма, ответственности, любви и толерантности в том числе. Читая литературное произведение, мы рассуждаем над поступками выдуманных персонажей: одни – одобряем, другие – осуждаем, но равнодушными не остаёмся. Бичер-Стоу Г.

Хижина дяди Тома «Хижина дяди Тома» — известный роман Гарриет Бичер-Стоу. Это произведение — широкая картина рабовладельческого быта в южных штатах Америки: тяжелое положение невольников, потрясающие сцены торговли живым товаром, страдания матерей, отрываемых от своих детей, героизм черных мучеников, нарастающее движение аболиционистов — все это волнующе ярко изображено Бичер-Стоу. Роман проникнут христианской моралью. Воскобойников В. М. Всё будет в порядке Светлая, смешная и чуть-чуть печальная повесть. Это рассказ о приключениях, которые происходят с человеком, когда ему еще не исполнилось одиннадцати лет, в полном грозных опасностей и неожиданных радостей мире. Киплинг Р. Маугли Образцами толерантного поведения служат животные. Они воспитывают из «человеческого детѐныша» достойную и благородную личность. Ли Х. Убить пересмешника… Роман «Убить пересмешника…», впервые опубликованный в 1960 году, имел оглушительный успех и сразу же стал бестселлером. Это и неудивительно: Харпер Ли нашла свой собственный стиль повествования, который позволил ей показать мир взрослых глазами ребенка, не упрощая и не обедняя его.
В романе переданы события 30-х годов XX века, периода «великой депрессии», происходившие в штате Алабама США. Повествование ведется от лица ребенка, но острота межрасовых конфликтов, социальных проблем от этого не теряет своей силы. Роман был удостоен одной из самых престижных премий США по литературе – Пулитцеровской. Стругацкий А.Н. Трудно быть богом. Герой романа попадает на другую планету, где царит средневековье со всеми его жестокостями и лишениями. Ему приходится преодолеть неприязнь к людям, населяющим эту планету. Любовь и сострадание помогают преодолеть все испытания. Мурашова Е. Класс коррекции. Повесть Екатерины Мурашовой «Класс коррекции» сильно выделяется в общем потоке современной отечественной подростковой литературы. Тема детей — отбросов общества, зачастую умственно неполноценных, инвалидов, социально запущенных, слишком неудобна и некрасива, трудно решиться говорить об этом. Но у автора получается жизнелюбивое, оптимистическое произведение там, где, кажется, ни о каком оптимизме и речи быть не может. Мурашова не развлекает читателя, не заигрывает с ним. Она призывает читающего подростка к совместной душевной и нравственной работе, помогает через соучастие, сочувствие героям книги осознать себя как человека, личность,…

Гендиректор музея толерантности назвал провокацией вакансию для славян :: Общество :: РБК

Объявление, в котором говорилось, что на должность бармена рассматриваются только люди славянской внешности, разместил субподрядчик. Появление Еврейского музея в такой вакансии «неправдоподобно абсурдно», отметил гендиректор

Фото: Сергей Киселев / АГН «Москва»

Объявление о поиске человека «славянской внешности» на должность бармена в Еврейский музей и центр толерантности было размещено субподрядчиком и является открытой провокацией, сообщил генеральный директор музея, раввин Александр Борода. Его обращение поступило в РБК.

Борода пояснил, что организатор нового кафе в музее привлек субподрядчика по поиску персонала, а тот разместил объявление о замещении вакансии бармена человеком славянской внешности.

«Я склонен считать случившееся скорее открытой провокацией, чем реальным запросом. У любого приличного, здравомыслящего человека объявления такого рода, которые, к сожалению, встречаются в разных сферах, вызывают лишь острую негативную реакцию и даже отвращение», — подчеркнул генеральный директор центра. Он назвал упоминание Еврейского музея и центра толерантности в описании вакансии «неправдоподобно абсурдным» и заявил, что одна из целей работы центра состоит в том, чтобы исключить появление таких формулировок в обществе.

Московские музеи назвали сроки открытия для посетителей

Борода отметил, что музей немедленно прекратил сотрудничество с людьми, которые несут ответственность за произошедшее (с кем конкретно, не уточняется). При этом инцидент с вакансией показал, что центру необходимо уделять больше внимания просветительским программам, которые он реализует, в том числе в отношении корпоративной этики, отметил он.

канцлер Австрии призвал страны Европы отказаться от ложно понимаемой толерантности — ИноТВ

Канцлер Австрии Себастьян Курц ожидает окончания ложно понимаемой толерантности во всех европейских странах и осознания ими опасности политического исламизма. В интервью немецкой газете Die Welt он призвал Евросоюз к решительной и сплочённой борьбе не только с религиозным терроризмом, но и со стоящей за ним идеологической базой.

В результате исламистской террористической атаки в центре Вены в понедельник вечером погибло четыре человека, ещё 14 были ранены. Силы безопасности до сих пор ведут активные работы по розыску тех, кто стоял за расстрелянным преступником, сообщает немецкая газета Die Welt.

По словам канцлера Австрии Себастьяна Курца, к несчастью, после терактов во Франции и многих других странах следовало ожидать, что нечто подобное достигнет и его страны, однако это всё равно стало для всех её жителей настоящим шоком. Возлагая венок на месте преступления в память погибшим, он думал о том, насколько реальна и насколько близка опасность исламистского терроризма, рассказал Курц в интервью Die Welt.

По его словам, многие в Австрии верят, что их страна — как благословенный остров. Они знают о терроризме и насилии исключительно из новостей из дальних стран, но не из своей собственной. Сейчас ситуация изменилась. У многих австрийцев есть знакомые, которые вечером в понедельник находились в непосредственной близости от места теракта. «Это оставляет следы и раны на всём населении», — подчеркнул Курц.

Как напоминает издание, Австрия ещё в 2015 году приняла строгий закон об ограничении политического ислама, в продвижении которого участвовал сам канцлер страны. По мнению Курца, Австрия с её исламским законом стала в Европе одним из первопроходцев, и сейчас важно решительно продолжать эту борьбу. «Причём не только с исламистским терроризмом, но и с идеологической базой, которая стоит за ним, то есть, с политическим исламом и радикальным исламизмом», — заявил Себастьян Курц.

«Я рад, что мы уже сделали шаг в этом направлении благодаря закону об исламе 2015 года», — продолжил он. Сейчас этот закон частично переняли и другие государства, а некоторые обсуждают возможность взять его в качестве основы для собственного урегулирования — как, например, Франция. «Так что этот теракт в центре нашей столицы показывает, что мы должны сохранять бдительность и решительность», — подвёл черту канцлер Австрии.

В интервью Die Welt он также рассказал о том, что сейчас дело за установлением окружения преступника. Курц попросил проявить понимание и объяснил, что в ночь после преступления специальные силы правоохранительных органов провели многочисленные обыски. Было задержано 14 подозреваемых, и сейчас ведётся следствие с целью выяснить, есть ли среди них заказчики или единомышленники террориста, чтобы вынести им соответствующее наказание.

По словам Себастьяна Курца, «ЕС необходимо значительно активнее сфокусироваться на проблеме политического исламизма». «Я ожидаю окончания ложно понимаемой толерантности и, наконец, осознания во всех странах Европы, насколько опасна идеология политического исламизма для нашей свободы и для европейского образа жизни», — подчеркнул австрийский канцлер.

«Европейский союз должен со всей решительностью и сплочённостью вести борьбу против исламского терроризма, а также против стоящей за ним политической базы, то есть, против политического исламизма», — призывает Курц. В интервью Die Welt он также отметил, что поддерживает диалог с Эммануэлем Макроном и многими главами правительств других стран с целью активного согласования действий внутри ЕС.

Курц намерен сделать эту тему одной из ведущих на предстоящем саммите Евросоюза. В беседе с немецкими журналистами он выразил сердечную признательность европейским и международным партнёрам за искреннее участие. Поддержка и солидарность со стороны канцлера Германии, президента Франции, а также Маркуса Зёдера из непосредственно соседствующей с Австрией Баварии «придали людям здесь много сил», заверил Курц журналистов Die Welt.

«В эти трудные часы мы узнали, что присутствует большая готовность к поддержке. Это касается, с одной стороны, сотрудничества вооружённых сил и служб разведки из-за рубежа. Но это в первую очередь касается и эмоциональной поддержки со стороны наших партнёров, которая сейчас очень помогает Австрии», — подчеркнул австрийский канцлер в интервью немецкой газете.

Почему военные Франции более толерантны к мусульманам — Реальное время

В свете нарастающих исламофобских настроений во французском обществе на фоне трагических событий последнего месяца и громких политических заявлений статья Колетт Дэвидсон, написанная для издания The Christian Science Monitor, приобретает новое звучание и предлагает обратить внимание на опыт французских вооруженных сил, которые пытаются найти некий срединный путь между секуляризмом и религией. «Реальное время» предлагает ознакомиться с переводом статьи.

«Солдатам необходимо научиться жить вместе»


Резкие ограничения вероисповедания в общественной сфере усилили напряженность в отношениях с мусульманским населением. Но в вооруженных силах дела обстоят немного иначе.

Кабинет Абделькадера Арби довольно типичен для военнослужащего Франции, с его просторным столом, французским флагом высотой до потолка в углу и портретом президента Франсуа Олланда, прикрепленным к стене.

Но время от времени кабинет служит необычной для государственного учреждения цели: когда армейская молельная комната недоступна, кабинет становится импровизированной мечетью для солдат, которым негде молиться.

«Очевидно, что солдатам необходимо научиться жить вместе, но иногда им просто неудобно и непрактично молиться», — говорит г-н Арби, первый мусульманский капеллан французских вооруженных сил, который вот уже 11-й год находится в этой должности. Солдаты зачастую живут группами до шести человек и работают на открытом воздухе в течение дня, что может быть проблемой для практикующих мусульман, пытающихся соблюдать необходимые пять ежедневных молитв. «Они приходят сюда молиться, чтобы никого не беспокоить».

В стране, которая борется со страхом радикализации и восприятием того, что ее определение секуляризма является синонимом исламофобии, военные предлагают модель принятия религиозной свободы без полного отстранения ее в публичной сфере.

Хотя теоретически капеллану запрещено руководить государственной школой или административным зданием, церковь и государство все еще неразрывно связаны в армии. А в последние годы правительство работает над тем, чтобы религиозные свободы распространялись на все большее число молодых мусульман, вступающих в армию.

«Эти солдаты просто хотят выполнять свою работу, полностью уважая свою религию, — говорит Арби. — Они наконец-то чувствуют, что с ними обращаются одинаково. В конце концов, все здесь борются за одно дело — за Францию».

Французские военные капелланы — еврей, мусульманин и католик. Фото: wikiwand.com

Строгий секуляризм


Разрешение солдатам молиться по военным причинам не обязательно будет шокирующим, за исключением того, что Франция — это страна, которая гордится своими строгими законами о секуляризме, или laicité.

Франция упорно боролась, чтобы поддерживать laicité, в том числе путем запретов на ношение бросающихся в глаза религиозных символов в школах с 2004 года и паранджи в общественных местах с 2010 года.

Однако положение закона 1905 года об отделении церкви от государства предусматривает, что правительство обязано предоставить доступ к назначенному государством капеллану людям, содержащимся в государственных тюрьмах, больницах и школах-интернатах. Одним словом — везде, где у человека нет свободного доступа к традиционным религиозным сооружениям.

Закон 1905 года аналогичен закону 1880 года, который предоставляет те же права военнослужащим французской армии. В настоящее время в вооруженных силах насчитывается 38 мусульманских капелланов, а также более 200 капелланов католической, протестантской и иудейской конфессий.

«Религию нельзя практиковать во многих местах Франции, но для тех, кто не имеет всех своих прав, религия — это способ вернуть им эту свободу», — говорит Валентина Зубер, профессор религиоведения Парижской школы перспективных исследований (EPHE).

Однако данное положение относилось не ко всем и не всегда. В то время как солдаты-христиане и евреи могли посещать молельные залы и имели своих капелланов на территории службы, солдаты-мусульмане были в значительной степени исключены из религиозной жизни. Это положение сохранялось даже через 100 лет после того, как закон о религиозной свободе позволил военным иметь своих священников.

Практикующие мусульмане были вынуждены скрывать свои ежедневные молитвы до того, как Арби прибыл в военный форт Винсеннес на окраине Парижа в 2005 году, и у них было мало возможностей для спасения, когда они сталкивались с расистскими шутками, оскорблениями или чувством изоляции.

Растущий мусульманский контингент

Но такое поведение сегодня неприемлемо из-за растущего мусульманского контингента армии, который составляет от 10 до 20 процентов французских военнослужащих. Поводом для назначения мусульманских капелланов послужило исследование 2004 года, показавшее, что в армии по отношению к иммигрантам во втором поколении особенно широко распространена религиозная дискриминация.

Самир, солдат с юга Франции, марокканец во втором поколении (идентификационные данные были изменены для защиты его анонимности), был практикующим мусульманином, когда он впервые поступил в армию в 2005 году. Хотя его религиозная практика сейчас распространяется только на воздержание от употребление свинины, Самир говорит, что он увидел разницу между жизнью с религиозными свободами и без них.

«Десять лет назад мусульмане просто не исповедовали свою религию на базе, — говорит Самир. — Офицеры не хотели этого видеть».

И хотя расизм и религиозная дискриминация все еще существуют в рядах солдат (Самир говорит, что недавно он слышал, как молодой офицер ругал мусульманского солдата за молитву в его комнате), отношение к североафриканским и черным солдатам улучшается: «Это новое поколение солдат очень разнообразно, и все меняется к лучшему, даже если эта эволюция происходит очень медленно».

Поскольку мусульманские капелланы прибыли на базу, солдатам разрешено молиться в своих комнатах, при необходимости консультироваться с капелланами и выбирать пакеты с халяльной едой во время заграничных миссий. Некоторые капелланы помогают организовать ежегодные поездки в Мекку для совершения хаджа. Но в остальном секулярные законы страны применяются так же, как и законы о публичных местах — никакой внешний религиозный символизм не допускается.

«Мы не можем сказать ничего очевидного о нашей религии, — говорит Самир. — Никаких цепей, никаких бород — мы должны оставаться нейтральными. Единственное место, где мы можем молиться — это военная часовня или наша спальня».

Фото: csmonitor.com

Серединный подход


Поддержание баланса между открытой и частной религиозной практикой и средним подходом к оказанию поддержки — капелланы не имеют права обращать в свою веру — может быть тем, что поддерживает функционирование военной версии секуляризма. В отличие от государственных и административных зданий или школ, где дебаты относительно секуляризма вызывают глубокую напряженность, религиозные обряды в вооруженных силах, как правило, не вызывают подозрений или скандалов.

Перемещаясь между публичным и частным, военные позволяют людям исповедовать свою религию, если это не нарушает общественный порядок — первоначальное определение laicité.

«Среда военных, кажется, является тем местом, где нейтралитет и свобода наиболее уважаемы во Франции», — говорит Зубер.

И поскольку государство финансирует военных капелланов, в стране, где правительству запрещено финансировать религиозные учреждения или служащих, сама религия получает определенное присутствие и доверие, добавляет она.

«Наша нынешняя система laicité не позволяет нам применять аналогичные правила где-либо еще, — говорит Зубер, — но, возможно, если бы роль капелланов была лучше понята, это изменило бы менталитет людей. На данный момент нет политической готовности сделать это».

Как сдерживать радикализацию?

Умеренный подход также можно рассматривать как попытку сдержать радикализацию. В то время как у Франции были проблемы с радикализацией своих тюрем, примеры в вооруженных силах остаются редкостью. Тем не менее Арби говорит, что даже если он редко видел, чтобы солдат проявлял признаки радикальных мыслей, его роль — сохранять бдительность, особенно после террористических атак, которые произошли в январе и ноябре прошлого года и оставили во Франции глубокую травму.

«Любой может сойти с рельсов, но это не мусульманская проблема», — говорит Арби. Когда в 2012 году Мохаммед Мера устроил перестрелку в Тулузе, двое из трех убитых солдат были мусульманами. «Это французские солдаты, и, хотя это может быть трудно запомнить, ислам не «иностранная» религия. Отношения между исламом и Францией имеют огромную историю».

Пока Франция продолжает спорить о балансе между продвижением секуляризма и противодействием исламофобии, Арби говорит, что возможность для мусульман в армии свободно практиковать свою религию является страховкой от мусульманского недовольства, переходящего в радикализм. По его словам, лучший подход к вещам — это как в воспитании детей: одинаковое отношение к каждому человеку, что является основополагающим фактором.

«Наша работа — вести войну, — говорит Арби. — Но, если солдаты не будут чувствовать себя равными между собой, эта война может повернуться вовнутрь».

Колетт Дэвидсон, перевел Булат Ногманов

ОбществоКультура

Мероприятия, посвященные Международному дню толерантности, в библиотеках и клубах района

Международный день толерантности ежегодно отмечается 16 ноября. Этот праздник торжественно провозглашён в «Декларации принципов терпимости» ЮНЕСКО. Вопрос о толерантности сейчас в центре внимания всего мира. Понятие «толерантность» воспринимается не только детьми, но и взрослыми по-разному, но дать понять ребятам, что такое толерантность, важно.

Библиотека с.Селезниха совместно с домом культуры провели мероприятие в форме урока права «Толерантность-дорога к миру» для школьников старшего возраста. Ребята познакомились с понятием «толерантность», с историей её появления, определяли принципы толерантного поведения. Участники мероприятия пробовали разобраться, чем толерантная личность отличается от интолерантной, оценивали степень своей толерантности, разбирали конфликтные ситуации и искали пути выхода из них. Особый интерес вызвала игра «Комплименты», в которой любой желающий ребёнок присаживался на «волшебный стул», а его одноклассники называли все его положительные качества. Итогом мероприятия стал собранный участниками цветок дружбы, на котором они указали основные черты, присущие толерантной личности. Школьники посмотрели «Сказку о толерантности», сделали выводы о необходимости воспитывать в себе терпимость друг к другу и чужому мнению. Будем надеяться, что такие встречи пойдут на пользу ребятам. Подтверждают эту мысль слова Антуана де Сент-Экзюпери: «Если я чем-то на тебя не похож, я этим вовсе не оскорбляю тебя, а, напротив, одаряю».

В библиотеке с.Камелик состоялся этнографический круиз «Мы едины, значит, непобедимы» для учащихся начальных классов. Заведующая библиотекой Девяткина Г.А. рассказала, что в основе толерантности лежит уважение к чужим культурным ценностям, стремление принять и понять многообразие иных обычаев и традиций. С этой целью детям было предложено несколько заданий: «Продолжи пословицу», «Загадки разных народов» и другие. В заключение мероприятия учащиеся сделали модель цветка, вписав в его лепестки качества которыми должен обладать толерантный человек.

В городской библиотеке № 26 проведен урок нравственности «Азбука толерантности» для юных читателей. Вниманию детей была представлена книжная выставка «Толерантность – дорога к миру». Урок прошел в виде устного журнала и состоял из нескольких страниц. На первой странице дети узнали, что означает слово «толерантность», сформировали правильное представление о толерантном поведении: уважение друг к другу, к обычаям, традициям и культуре разных народов. На странице второй – ребята поприветствовали друг друга на разных языках, стараясь не повторять предыдущие приветствия. Почему приветствие? Потому что 21 ноября – Всемирный день приветствия. Ведь именно с него начинается любое общение толерантного человека. Третья страница рассказала ребятам о народностях России, о том, что у всех есть свой язык, традиции, обычаи и игры.

Далее ребята получили карточки, на которых были записаны качества характера человека. Дети должны были выбрать те, которые характеризуют толерантную личность. Решали проблемные ситуации, отвечали на вопросы: «Что вы чувствуете в тот момент, когда о вас говорят плохо?», «Какое наставление вам помогает жить в мире?» В конце мероприятия на плакате под заголовком «В добрый путь» участники мероприятия разместили свои пожелания: быть добрыми, надежными, заботливыми, щедрыми. И все это поможет жить в мире.

В библиотеке с.Успенка прошел час общения с видео презентацией «Планета толерантности». Ее участниками стали учащиеся 4 класса, классный руководитель Саркулова А.Н. В ходе мероприятия дети познакомились с таким понятием, как толерантность. Ребятам был предложен тест, который показал степень их толерантности. Приводя примеры толерантной личности из литературы, пришли к выводу, что в основе всех черт толерантной личности лежит добро, она – самая важная, серьёзная, главная. Ребята собрали цветок толерантности, отгадали кроссворд, участвовали в игре «Волшебные руки», вспоминали пословицы, посвященные доброте. К мероприятию была оформлена книжная выставка «Давайте жить, друг друга уважая».

В завершениезаведующая библиотекой Л.В. Фирсова пожелала всем быть терпеливыми, вежливыми, учиться творить добро и ценить дружбу.

О.В. Лопаткина, заведующая Центральной библиотекой

 

16 ноября специалисты клуба «Северный» провели в МОУ ООШ №4 тематическую программу «Солнце всем на планете одинаково светит», посвященную Дню толерантности.

Ведущая объяснила детям, что такое толерантность, рассказала о том, что на планете Земля есть огромное количество стран и все народы непохожи и своеобразны. Чтобы понимать других, надо воспитать в себе терпение. Затем все совершили путешествие по нашей многонациональной стране, на экране все увидели Дагестан, Кабардино-Балкарию, Армению, Казахстан, Татарстан и т.д. На «дереве дружбы» завязывали «ленты дружбы» в знак уважения и дружбы.

В завершении программы ребята собрали цветок дружбы.

Д.Н. Толкунова , художественный руководитель

 

Почему толерантность бельевых марок продолжает унижать женщин

Смерть шоу Victoria’s Secret заставила другие бренды белья пересмотреть свою маркетинговую стратегию. Однако за их стремлением выглядеть прогрессивными стоит старое убеждение о том, что «секс продает» — оно лишь упаковано в более модную обертку. «Газета.Ru» — о лицемерии производителей нижнего белья, которые продвигают фальшивый бодипозитивизм и феминизм.

Мировые производители белья испугались печальной судьбы Victoria’s Secret: один за другим бренды демонстрируют публике, насколько отличаются от стремительно потерявшей популярность марки, которая не учла современных тенденций и продолжала делать ставку на блеск, роскошь, сексуальность и идеальные пропорции моделей, даже когда это уже стало социально неприемлемым.

Многие бренды, которые, как отменившие свое шоу в этом году Victoria’s Secret, не спешили делать каталоги с моделями размера плюс или трансгендерами, решили воспользоваться тем, что марка подверглась всеобщему порицанию, и тихо, не привлекая внимания, поменяли свои маркетинговые стратегии. 25 сентября счастливые блогеры танцевали под живое выступление Бетт Дитто на показе французской компании Etam в Париже, а по перекрещенным линиям длинного подиума ходили улыбающиеся женщины всех размеров: бренд продемонстрировал победу инклюзивности, выступив за принятие всех такими, каковы они есть, дружбу и любовь — но это не означает, что его руководство на самом деле исповедует эти новые ценности. Просто оно оказалось сообразительнее, чем боссы Victoria’s Secret.

Взять старую оригинальную идею и адаптировать ее для нового поколения потребителей сейчас пытаются сделать все — производители косметики, одежды или БАДов. Но от обложки и слогана содержание едва ли сможет кардинально измениться.

В материалах западных СМИ все чаще встречается выражение «fake woke» («Ложно разбуженные»), которым описывают людей, выказывающих поддержку «правильным» и модным идеям, чтобы впечатлить остальных, но на самом деле остающихся при своих взглядах. Скорее всего, с топ-менеджментом компании Etam случилась та же самая история. К тому же, он никак не связан с недавними скандалами, а недруги Victoria’s Secret недавно наверняка порадовались тому, что на свет выплыла дружба Лесли Векснера — главы корпорации, владеющей VS — с обвиненным в педофилии мультимиллионером Джеффри Эпштейном.

Свою непохожесть на скандальный бренд привычно демонстрирует еще одна марка, от сезона к сезону показывающая публике, что стоит за бодипозитивное мышление, политическую корректность и толерантность. Savage x Fenty, основанную певицей Рианной, не первый год превозносят именно за то, что она отказалась от агрессивной сексуальности 90-х и продвигает популярную повестку. Однако в конце 2019-го вдруг что-то пошло не так: бренд Рианны внезапно показал истинное лицо.

10 сентября во время проведения нью-йоркской Недели моды инклюзивная марка нижнего белья устроила масштабное шоу Savage x Fenty на спортивной арене Barclay’s Center в Бруклине. В театрализованном представлении с позированием, танцорами и оформлением с отсылками к римскому Колизею участвовали знаменитые исполнители, а по подиуму ходили… известные мировые модели в полупрозрачном кружеве и на шпильках. Разве что без крыльев, чтобы зритель не сразу вспомнил, что нечто подобное мы уже видели.

Авторы шоу поставили каждой из манекенщиц в стрингах, боксерах, боди и камзолах, часть из которых была расшита стразами, хореографию. Подбор артистов заслуживал отдельного внимания — никакой Арианы Гранде или даже Леди Гаги — Холзи, Лаверна Кокс, Нормани, а также рэперы Migos, ASAP Ferg, Big Sean и DJ Khaled. Разумеется, сама Рианна тоже прошлась по подиуму. Мы знаем об этом благодаря тому, что запись показа выложили на Amazon Prime (вместо привычного для зрителей VS HBO), а публике было запрещено снимать происходящее.

В итоге получилось действительно эффектное представление, но оно практически ничем не отличалось от шоу традиционных Victoria’s Secret, которые СМИ критиковали с таким жаром, что марка от них отказалась. Получается, что организаторы просто стали эксплуатировать давно заезженную тему по-новому?

В материале для The New York Times модный критик Ванесса Фридман, присутствовавшая на показе, призналась, что была поражена тому, насколько знакомым оказалось все, что происходило вокруг. Действительно, от нескольких переменных классический «рецепт» вовсе не изменился. Там были все те же модели Джиджи и Белла Хадид, Джоан Смоллз и Кара Делевинь, бывшие «ангелы» VS, которые все так же радостно ходили по розовому подиуму легендарного шоу всего пару лет назад. Они не стали делать начес и «пляжные волны», но вместо улыбок уверенно надули губы и гладили свои тела, и в этом — вся разница. .

Может быть, размерная линейка действительно увеличилась в бодипозитивную сторону, но в итоге нам все равно показали стереотипную фантазию — только теперь в них вместо заснеженного ангела главная роль досталась образу доминатрикс. И это все так же остается традиционной категорией на порно-сайтах. Получается, что Рианна просто взяла чужую идею и перенесла ее на новые платформы.

Возможно, иным способом белье просто не продать — если все остальные индустрии могут отказаться от тезиса «секс продает», то заставить женщину купить дорогие и, в большинстве случаев, откровенно некомфортные кружевные трусы и лифчики способно только обещание, что в них она непременно заполучит партнера своей мечты.

И ни один маркетолог не скажет вам, что встретить адекватного и подходящего партнера поможет только избавление от собственных психологических блоков и комплексов, потому что для этого понадобятся специалисты, а не новый парфюм или ночная сорочка.

Терпимость США нужна больше, чем единство

Выборы в США в 2020 году и последовавшие за ними беспорядки — еще одно свидетельство — как будто нам нужно больше — того, насколько глубоко разделена сегодня страна. Разделение бывает региональным, идеологическим, культурным, моральным и, как некоторые говорят, неразрешимым. Группа видных ученых недавно предупредила об опасности новой фундаментальной угрозы для республики: политического сектантства или тенденции к морализированной идентификации с политической группой и против другой.

В ответ на этот огромный разрыв политики настаивают на большем единстве и возвращении к двухпартийности прошлого. В своей инаугурационной речи президент Байден сказал нации, что «разногласия не должны вести к разобщению». В разгар пандемии, экономического коллапса, политической поляризации, расовых беспорядков и климатического кризиса сотрудничество между гражданами действительно как никогда важно. Психологические исследования также показывают важность единства в форме общей идентичности, например принадлежности к одной нации, для укрепления доверия и сотрудничества.Однако акцент на единстве также часто понимается как аргумент в пользу единообразия или ассимиляции определенных ценностей и убеждений, что не особенно реалистично. В большой и разнообразной стране более практичным решением нынешнего разделения на партизан будет терпимости наших разногласий.

Общества на протяжении тысячелетий полагались на толерантность в самых разных контекстах, например, в древней Индии во времена империи Маурьев, на Ближнем Востоке во времена Османской империи и в Европе после Реформации.В философских, политических и психологических текстах терпимость означает предоставление равных свобод и прав, особенно тем, чьи убеждения, ценности и действия мы не одобряем. Как однажды сказал президент Джон Ф. Кеннеди: «Терпимость не означает недостатка приверженности собственным убеждениям. Скорее, он осуждает притеснение или преследование других ». Терпимость не подразумевает компромисса с нашими ценностями, убеждениями или образом жизни, а скорее позволяет другим жить так, как они хотят, потому что наши причины терпеть эти различия (например, уважение к свободе выражения мнения других) перевешивают причины для возражений.

Терпимость действует как барьер для дискриминации. В отличие от цели единства, толерантность не предполагает подчинения или социального давления, которое может иметь неприятные последствия. Вместо этого, прося нас поразмышлять над внутренними причинами принятия того, что мы не одобряем, вместо того, чтобы требовать от людей отказаться от своих глубоко укоренившихся убеждений или ценностей, толерантность снижает риск конфликта в плюралистическом обществе.

Психологически толерантность может быть сложной, потому что она требует от нас придерживаться двух, казалось бы, противоречивых мнений: неодобрение чужих убеждений с одновременной поддержкой их равного права выражать эти убеждения.Именно этот психологический танец затрудняет достижение толерантности, но также позволяет нам жить в гармонии, несмотря на глубоко укоренившиеся различия. Терпимость не подразумевает нейтралитета (т. Е. Отсутствия суждений), безразличия (т. Е. «Чего угодно») или релятивизма (т. Е. «Все идет») к различию. Он просто просит людей заняться разногласиями, взвесив наши возражения наряду с причинами, чтобы разрешить то, что мы могли бы лично не одобрить. В конце концов, атеист вряд ли сможет убедить набожного христианина отказаться от своей религии, так же как христианин не может убедить ярого атеиста в истинности своей веры.Однако, несмотря на разногласия и даже неодобрение, оба могут научиться терпеть убеждения друг друга.

Толерантность — вот что делает возможным настоящее разнообразие. Создавая социальные пространства и нормы, в которых мы можем делиться своей жизнью и обществом с людьми, с которыми мы не согласны, это дает возможность для диалога, взаимопонимания и признания общего и равного гражданства наших оппонентов, даже если мы не одобряем их убеждения и обычаи. и ценности. Толерантность заключается в уважении к другим людям как к равным гражданам и людям, а не к их точке зрения.Разногласия по поводу наших ценностей и убеждений неизбежны, и они приемлемы, пока мы можем поддерживать взаимное уважение к другим как к равным гражданам и собратьям.

Однако толерантность возможна только в том случае, если мы уменьшаем мораль по каждому пункту различия. Морализация относится к процессу, при котором предпочтения людей или ранее нейтральное поведение приобретают моральное значение. Когда такое поведение, как употребление мяса в пищу, курение сигарет, добрачный секс или религиозное обучение, становится моральным, оно вызывает сильные моральные эмоции, институциональные меры против такого поведения и даже порицание или осуждение со стороны других.Таким образом, морализация является препятствием для толерантности, поскольку воспринимаемая безнравственность определяет границы того, что можно терпеть. Поскольку люди считают вопросы морали объективными, абсолютными и бескомпромиссными, придание сильного морального значения каждому пункту разногласий и разногласий делает терпимость практически невозможной.

Вместо этого требуется, например, интеллектуальное смирение (т. Е. Степень, в которой люди признают, что их убеждения могут быть ошибочными), мудрое рассуждение (т. Е. Понимание взаимосвязанной природы человеческой жизни и знание о себе наряду с ограничениями) или диалектическое мышление. мышление (т.е. терпимость к кажущимся противоречивым убеждениям), чтобы сделать терпимость возможной. Поощряя людей уравновешивать причины неодобрения с причинами терпимости к тому, что мы не одобряем, толерантность делает возможными диалог и дебаты.

Также важно, чтобы наши политические лидеры и институты вносили свой вклад в продвижение социальных норм о терпимости к различиям. Это может быть сделано, например, руководством на национальном уровне и уровне сообщества, демонстрирующим готовность не соглашаться, дискутировать и терпеть разногласия.Более того, институты могут устанавливать инклюзивные социальные нормы с эгалитарными режимами гражданства, которые позволяют выражать различия, даже если они только терпимы. Такие нормы могут коллективно помочь нам научиться жить вместе, несмотря на наши различия.

В стране, разделенной на две почти одинаково могущественные политические фракции, терпимость является необходимостью для предотвращения будущих конфликтов. Ни одна из сторон политического раскола не собирается победить другую или полностью искоренить противоположные убеждения, практики и ценности.Призывы к единству со стороны лидеров и организаций — это заметное улучшение по сравнению с посланиями о разделении. Однако терпимость станет более реалистичной и более эффективной стратегией устранения непримиримых разногласий, проистекающих из идеологических, религиозных, культурных и моральных различий, которые неизбежны в большой, свободной, плюралистической нации.

Различение устойчивости, толерантности и устойчивости к лечению антибиотиками

  • 1

    МакКиган, К.С., Борхес-Уолмсли, М.И.И Уолмсли, А. Р. Механизмы микробной и вирусной устойчивости к лекарственным средствам. Trends Microbiol. 10 , S8 – S14 (2002).

    CAS PubMed Google ученый

  • 2

    Ученый, Э. М. и Пратт, В. Б. (ред.) Противомикробные препараты (Oxford Univ. Press, 2000).

    Google ученый

  • 3

    Д’Коста, В. М., МакГранн, К. М., Хьюз, Д. В. и Райт, Г.D. Отбор образцов резистома к антибиотикам. Наука 311 , 374–377 (2006).

    CAS Google ученый

  • 4

    Биггер, Дж. У. Лечение стафилококковых инфекций пенициллином путем периодической стерилизации. Ланцет 244 , 497–500 (1944).

    Google ученый

  • 5

    Хобби, Г. Л., Мейер, К. и Чаффи, Э. Наблюдения за механизмом действия пенициллина. Proc. Soc. Exp. Биол. Med. 50 , 281–285 (1942).

    CAS Google ученый

  • 6

    Хорн Д. и Томаш А. Толерантный ответ Streptococcus sanguis на β-лактамы и другие ингибиторы клеточной стенки. Антимикробный. Агенты Chemother. 11 , 888–896 (1977).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 7

    Балабан, Н. К., Гердес, К., Льюис, К. и МакКинни, Дж. Д. Проблема настойчивости: вопросов по-прежнему больше, чем ответов? Nat. Rev. Microbiol. 11 , 587–591 (2013).

    CAS PubMed Google ученый

  • 8

    Кестер, Дж. К. и Форчун, С. М. Персистеры и не только: механизмы фенотипической устойчивости к лекарствам и толерантности к лекарствам у бактерий. Crit. Rev. Biochem. Мол. Биол. 49 , 91–101 (2014).

    CAS Google ученый

  • 9

    Хандвергер, С. и Томаш, А. Толерантность к антибиотикам среди клинических изолятов бактерий. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 25 , 349–380 (1985).

    CAS PubMed Google ученый

  • 10

    Tuomanen, E., Cozens, R., Tosch, W., Zak, O. & Tomasz, A. Скорость уничтожения Escherichia coli β-лактамными антибиотиками строго пропорциональна скорости рост бактерий. J. Gen. Microbiol. 132 , 1297–1304 (1986).

    CAS PubMed Google ученый

  • 11

    McDermott, W. Устойчивость микробов. Yale J. Biol. Med. 30 , 257–291 (1958).

    CAS PubMed Google ученый

  • 12

    Ледерберг, Дж. И Зиндер, Н. Концентрация биохимических мутантов бактерий с пенициллином. J. Am. Chem. Soc. 70 , 4267–4268 (1948).

    CAS PubMed Google ученый

  • 13

    Гефен, О. и Балабан, Н.К. Важность стойкости: гетерогенность бактериальных популяций в условиях антибиотического стресса. FEMS Microbiol. Ред. 33 , 704–717 (2009).

    CAS PubMed Google ученый

  • 14

    Балабан, Н.К., Меррин, Дж., Чайт, Р., Ковалик, Л., Лейблер, С. Устойчивость бактерий как фенотипический переключатель. Наука 305 , 1622–1625 (2004).

    CAS Google ученый

  • 15

    Wakamoto, Y. et al. Динамическая устойчивость микобактерий, подвергшихся стрессу от антибиотиков. Наука 339 , 91–95 (2013).

    CAS Google ученый

  • 16

    Депардье, Ф., Podglajen, I., Leclerc, R., Collatz, E. & Courvalin, P. Режимы и модуляции экспрессии гена устойчивости к антибиотикам. Clin. Microbiol. Ред. 20 , 79–114 (2007).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 17

    Блэр, Дж. М., Уэббер, М. А., Бэйли, А. Дж., Огболу, Д. О. и Пиддок, Л. Дж. Молекулярные механизмы устойчивости к антибиотикам. Nat. Rev. Microbiol. 13 , 42–51 (2015).

    CAS PubMed Google ученый

  • 18

    Chait, R., Craney, A. & Kishony, R. Взаимодействие с антибиотиками, препятствующее развитию устойчивости. Nature 446 , 668–671 (2007).

    CAS PubMed Google ученый

  • 19

    Wiegand, I., Hilpert, K. & Hancock, R.E. Методы разбавления агара и бульона для определения минимальной ингибирующей концентрации (MIC) антимикробных веществ. Nat. Protoc. 3 , 163–175 (2008).

    CAS PubMed Google ученый

  • 20

    Mattie, H. Эффективность антибиотика in vivo , предсказанная in vitro активностью . Внутр. J. Antimicrob. Агенты 14 , 91–98 (2000).

    CAS PubMed Google ученый

  • 21

    Патерсон, Д. Л. и др. Результат лечения цефалоспорином серьезных инфекций из-за явно чувствительных организмов, продуцирующих β-лактамазы расширенного спектра: значение для лаборатории клинической микробиологии. J. Clin. Microbiol. 39 , 2206–2212 (2001).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 22

    Исида, К., Гузе, П. А., Калмансон, Г. М., Альбранд, К. и Гузе, Л. Б. Переменные, демонстрирующие толерантность к метициллину у штаммов Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 21 , 688–690 (1982).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 23

    Вольфсон, Дж., Hooper, D., McHugh, G., Bozza, M. & Swartz, M. Мутанты Escherichia coli K-12, демонстрирующие пониженную гибель как хинолоновых, так и β-лактамных антимикробных агентов. Антимикробный. Агенты Chemother. 34 , 1938–1943 (1990).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 24

    Мюллер, М., де ла Пена, А. и Дерендорф, Х. Вопросы фармакокинетики и фармакодинамики противоинфекционных агентов: кривые уничтожения в зависимости от МИК. Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 369–377 (2004).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 25

    Barry, L.A. et al. Методы определения бактерицидной активности противомикробных средств; утвержденная директива . (Национальный комитет клинических лабораторных стандартов, 1999).

    Google ученый

  • 26

    Керен, И., Калдалу, Н., Сперинг, А., Ван, Ю. П. и Льюис, К. Клетки-персистеры и толерантность к противомикробным препаратам. Fems Microbiol. Lett. 230 , 13–18 (2004).

    CAS PubMed Google ученый

  • 27

    Pasticci, M. B. et al. Бактерицидная активность оксациллина и гликопептидов против Staphylococcus aureus у пациентов с эндокардитом: поиск взаимосвязи между толерантностью и исходом. Ann.Clin. Microbiol. Противомикробный. 10 , 26 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 28

    Фридман, О., Гольдберг, А., Ронин, И., Шореш, Н., Балабан, Н.К. Оптимизация времени задержки лежит в основе толерантности к антибиотикам в эволюционировавших популяциях бактерий. Природа 513 , 418–421 (2014).

    CAS PubMed Google ученый

  • 29

    Regoes, R.R. et al. Фармакодинамические функции: многопараметрический подход к разработке схем лечения антибиотиками. Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 3670–3676 (2004).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 30

    Гефен, О., Габай, К., Мумкуоглу, М., Энгель, Г. и Балабан, Н.К. Динамика индукции одноклеточного белка выявляет период уязвимости к антибиотикам у устойчивых бактерий. Proc. Natl Acad. Sci. США 105 , 6145–6149 (2008).

    CAS PubMed Google ученый

  • 31

    Helaine, S. et al. Динамика внутриклеточной репликации бактерий на одноклеточном уровне. Proc. Natl Acad. Sci. США 107 , 3746–3751 (2010).

    CAS PubMed Google ученый

  • 32

    Амато, С. М., Орман, М.A. & Brynildsen, M.P. Метаболический контроль образования персистеров в Escherichia coli . Мол. Ячейка 50 , 475–487 (2013).

    CAS Google ученый

  • 33

    Maisonneuve, E., Castro-Camargo, M. & Gerdes, K. (p) ppGpp контролирует устойчивость бактерий путем стохастической индукции токсин-антитоксиновой активности. Cell 154 , 1140–1150 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 34

    Чао, Л.И Левин, Б. Р. Структурированные среды обитания и эволюция антиконкурентных токсинов у бактерий. Proc. Natl Acad. Sci. США 78 , 6324–6328 (1981).

    CAS PubMed Google ученый

  • 35

    Родионов Д.Г. и Ишигуро Е.Е. Влияние ингибиторов синтеза белка на лизис Escherichia coli , индуцированный β-лактамными антибиотиками. Антимикробный. Агенты Chemother. 40 , 899–903 (1996).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 36

    Орман, М. А. и Бринилдсен, М. П. Покой не является необходимым или достаточным для устойчивости бактерий. Антимикробный. Агенты Chemother. 57 , 3230–3239 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 37

    Йохансен, Х. К., Йенсен, Т. Г., Дессау, Р.Б., Лундгрен Б. и Фримодт-Моллер Н. Антагонизм между пенициллином и эритромицином против Streptococcus pneumoniae in vitro и in vivo . J. Antimicrob. Chemother. 46 , 973–980 (2000).

    CAS PubMed Google ученый

  • 38

    Thonus, I. P., Fontijne, P. & Michel, M. F. Чувствительность к ампициллину и вызванная ампициллином скорость гибели Escherichia coli . Антимикробный. Агенты Chemother. 22 , 386–390 (1982).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 39

    Mascio, C. T., Alder, J. D. & Silverman, J. A. Бактерицидное действие даптомицина против стационарных и неделящихся Staphylococcus aureus клеток. Антимикробный. Агенты Chemother. 51 , 4255–4260 (2007).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 40

    де Стинвинкель, Дж.E. et al. Кинетика времени уничтожения противотуберкулезных препаратов и появление резистентности в зависимости от метаболической активности Mycobacterium tuberculosis . J. Antimicrob. Chemother. 65 , 2582–2589 (2010).

    CAS PubMed Google ученый

  • 41

    Эванс, Д. Дж., Эллисон, Д. Г., Браун, М. Р. и Гилберт, П. Чувствительность биопленок Pseudomonas aeruginosa и Escherichia coli к ципрофлаксину: эффект удельной скорости роста. J. Antimicrob. Chemother. 27 , 177–184 (1991).

    CAS PubMed Google ученый

  • 42

    Manina, G., Dhar, N. & McKinney, J. D. Стресс и иммунитет хозяина усиливают фенотипическую гетерогенность Mycobacterium tuberculosis и индуцируют нерастущие метаболически активные формы. Клеточный микроб-хозяин 17 , 32–46 (2015).

    CAS Google ученый

  • 43

    Китано, К.& Tomasz, A. Мутанты Escherichia coli , толерантные к β-лактамным антибиотикам. J. Bacteriol. 140 , 955–963 (1979).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 44

    Bernier, S.P. et al. Голодание вместе с SOS-ответом опосредует высокую биопленочную толерантность к фторхинолону офлоксацину. PloS Genet. 9 , e1003144 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 45

    Сандберг, А.и другие. Внутри- и внеклеточная активность диклоксациллина против Staphylococcus aureus in vivo и in vitro . Антимикробный. Агенты Chemother. 54 , 2391–2400 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 46

    Дорр Т., Дэвис Б. М. и Уолдор М. К. Эндопептидаза-опосредованная толерантность к β-лактамам. PloS Pathog. 11 , e1004850 (2015).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 47

    Дорр, Т., Вулич, М. и Льюис, К. Ципрофлоксацин вызывает образование персистеров, индуцируя токсин TisB в Escherichia coli . PloS Biol. 8 , e1000317 (2010).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 48

    Wiuff, C. & Andersson, D. I. Лечение антибиотиками in vitro фенотипически толерантных популяций бактерий. J. Antimicrob. Chemother. 59 , 254–263 (2007).

    CAS PubMed Google ученый

  • 49

    Джонсон, П. Дж. Т. и Левин, Б. Р. Фармакодинамика, популяционная динамика и эволюция персистенции у Staphylococcus aureus . PloS Genet. 9 , e1003123 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 50

    Гефен, О., Фридман, О., Ронин, И., Балабан, Н.К. Прямое наблюдение за бактериями, находящимися в одной стационарной фазе, показывает удивительно длительный период постоянной активности по производству белка. Proc. Natl Acad. Sci. США 111 , 556–561 (2014).

    CAS PubMed Google ученый

  • 51

    Льюис, К. Персистерные клетки, покой и инфекционные заболевания. Nat. Rev. Microbiol. 5 , 48–56 (2007).

    CAS PubMed Google ученый

  • 52

    Нгуен, Д.и другие. Активные реакции голодания опосредуют толерантность к антибиотикам в биопленках и бактериях с ограниченным питанием. Наука 334 , 982–986 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 53

    Levin-Reisman, I. et al. Автоматическая визуализация с помощью ScanLag выявляет ранее необнаруживаемые фенотипы роста бактерий. Nat. Методы 7 , 737–739 (2010).

    CAS PubMed Google ученый

  • 54

    Луидалепп, Х., Joers, A., Kaldalu, N. & Tenson, T. Возраст инокулята сильно влияет на частоту персистирования и может маскировать эффекты мутаций, влияющих на изменение персистенции. J. Bacteriol. 193 , 3598–3605 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 55

    Madar, D. et al. Динамика активности промотора в лаг-фазе Escherichia coli . BMC Syst. Биол. 7 , 136 (2013).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 56

    Joers, A., Kaldalu, N. & Tenson, T. Частота персистеров в Escherichia coli отражает кинетику пробуждения из состояния покоя. J. Bacteriol. 192 , 3379–3384 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 57

    Путринш, М., Когерманн, К., Lukk, E. & Lippus, M. Фенотипическая неоднородность позволяет уропатогенной Escherichia coli избежать уничтожения антибиотиками и сывороточным комплементом. Заражение. Иммун. 83 , 1056–1067 (2015).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 58

    Перл, С., Габай, К., Кишони, Р., Оппенгейм, А. и Балабан, Н.К. Негенетическая индивидуальность во взаимодействии хозяин-фаг. PloS Biol. 6 , 957–964 (2008).

    CAS Google ученый

  • 59

    Бараньи Дж. Стохастическое моделирование бактериальной лаг-фазы. Внутр. J. Food Microbiol. 73 , 203–206 (2002).

    PubMed Google ученый

  • 60

    Акерлунд, Т., Нордстром, К. и Бернандер, Р. Анализ размера клеток и содержания ДНК в экспоненциально растущих и стационарных фазовых культурах Escherichia coli . J. Bacteriol. 177 , 6791–6797 (1995).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 61

    Хартман Б. Дж. И Томаш А. Выражение устойчивости к метициллину у гетерогенных штаммов Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 29 , 85–92 (1986).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 62

    Левин, Б.Р. и Розен, Д. Э. Ненаследственная устойчивость к антибиотикам. Nat. Rev. Microbiol. 4 , 556–562 (2006).

    CAS PubMed Google ученый

  • 63

    Натаро, Дж. П., Блазер, М. Дж. И Каннингем-Рандлс, С. (ред.) В Стойкие бактериальные инфекции . 3–10 (АСМ Пресс, 2000).

    Google ученый

  • 64

    Rotem, E. et al. Регуляция фенотипической изменчивости с помощью порогового механизма лежит в основе персистенции бактерий. Proc. Natl Acad. Sci. США 107 , 12541–12546 (2010).

    CAS PubMed Google ученый

  • 65

    Корч, С. Б. и Хилл, Т. М. Эктопическая сверхэкспрессия дикого типа и мутантных генов hipA в Escherichia coli : влияние на синтез макромолекул и образование персистеров. J. Bacteriol. 188 , 3826–3836 (2006).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 66

    Мойед, Х.S. & Bertrand, K. P. hipA , недавно обнаруженный ген Escherichia coli K-12, который влияет на частоту сохранения после ингибирования синтеза муреина. J. Bacteriol. 155 , 768–775 (1983).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 67

    Левин-Райзман, И. и Балабан, Н.К. в Устойчивость бактерий: методы и протоколы (ред. Michiels, J.И Фоварт, М.) 75–81 (Humana Press, 2015).

    Google ученый

  • 68

    El Meouche, I., Siu, Y. & Dunlop, M.J. Стохастическая экспрессия активатора множественной устойчивости к антибиотикам придает временную устойчивость в отдельных клетках. Sci. Отчетность 6 , 19538 (2016).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 69

    Адамс, К.N. et al. Толерантность к лекарствам при репликации микобактерий, опосредованная механизмом оттока, вызванного макрофагами. Cell 145 , 39–53 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 70

    Кайзер, Ф. Х., Беннер, Э. Дж. И Хёприх, П. Д. Приобретенная и нативная резистентность Staphylococcus aureus к цефалексину и другим β-лактамным антибиотикам. Заявл. Microbiol. 20 , 1–5 (1970).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 71

    Эль-Халфави, О. М. и Вальвано, М. А. Гетерорезистентность к противомикробным препаратам: новая область, нуждающаяся в ясности. Clin. Microbiol. Ред. 28 , 191–207 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 72

    Адамс, К. Н., Шумовски, Дж. Д. и Рамакришнан, Л.Верапамил и его метаболит норверапамил подавляют индуцированную макрофагами, опосредованную насосом бактериального оттока толерантность к множеству противотуберкулезных препаратов. J. Infect. Дис. 210 , 456–466 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 73

    Mattie, H., Sekh, B.A., van Ogtrop, M. L. & van Strijen, E. Сравнение антибактериальных эффектов цефепима и цефтазидима против Escherichia coli in vitro и in vivo . Антимикробный. Агенты Chemother. 36 , 2439–2443 (1992).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 74

    Коутс, А. Р. и Ху, Ю. Ориентация на неразмножающиеся организмы как способ разработки новых противомикробных препаратов. Trends Pharmacol. Sci. 29 , 143–150 (2008).

    CAS PubMed Google ученый

  • 75

    Фенг, Дж.и другие. Идентификация новой активности против персистеров Borrelia burgdorferi с использованием одобренной FDA библиотеки лекарств. Emerg. Микробы заражают. 3 , e49 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 76

    Kim, J. S. et al. Селективное уничтожение бактериальных персистеров одним химическим соединением без воздействия на нормальные чувствительные к антибиотикам клетки. Антимикробный. Агенты Chemother. 55 , 5380–5383 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 77

    Fleck, L.E. et al. Скрининг и проверка противомикробных пролекарств. Антимикробный. Агенты Chemother. 58 , 1410–1419 (2014).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 78

    Conlon, B.P. et al. Активированный ClpP убивает персистеры и устраняет хроническую инфекцию биопленок. Природа 503 , 365–370 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 79

    Роосталу, Дж., Йыерс, А., Луидалепп, Х., Калдалу, Н. и Тенсон, Т. Деление клеток в культурах Escherichia coli , отслеживаемых при разрешении отдельных клеток. BMC Microbiol. 8 , 68 (2008).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 80

    Клауди, Б.и другие. Фенотипическая изменчивость Salmonella в тканях хозяина задерживает эрадикацию антимикробной химиотерапией. Cell 158 , 722–733 (2014).

    CAS Google ученый

  • 81

    Mattie, H., Zhang, L.C., van Strijen, E., Sekh, B.R. и Douwes-Idema, A.E. Фармакокинетические и фармакодинамические модели антистафилококковых эффектов меропенема и клоксациллина in vitro и экспериментальной инфекции. Антимикробный. Агенты Chemother. 41 , 2083–2088 (1997).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 82

    Arnoldini, M. et al. Бистабильная экспрессия генов вирулентности в Salmonella приводит к формированию устойчивой к антибиотикам субпопуляции. PLoS Biol. 12 , e1001928 (2014).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 83

    Никель, Дж.К., Русеска, И., Райт, Дж. Б. и Костертон, Дж. У. Устойчивость к тобрамицину клеток Pseudomonas aeruginosa , растущих в виде биопленки на материале мочевого катетера. Антимикробный. Агенты Chemother. 27 , 619–624 (1985).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 84

    Хейс, С. и Лоу, Д. А. Сигналы регуляции роста бактерий. Curr. Opin. Microbiol. 12 , 667–673 (2009).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 85

    Бхуян, Б. К., Фрейзер, Т. Дж. И Дэй, К. Дж. Кинетика пролиферации клеток и лекарственная чувствительность экспоненциальных и стационарных популяций культивируемых клеток L1210. Cancer Res. 37 , 1057–1063 (1977).

    CAS PubMed Google ученый

  • 86

    Sharma, S. V. et al. Опосредованное хроматином обратимое состояние лекарственной толерантности в субпопуляциях раковых клеток. Cell 141 , 69–80 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 87

    Джаяраман, Р. Устойчивость бактерий: некоторые новые взгляды на старый феномен. J. Biosci. 33 , 795–805 (2008).

    CAS PubMed Google ученый

  • 88

    Коэн, Н. Р., Лобриц, М. А. и Коллинз, Дж. Дж. Устойчивость микробов и путь к лекарственной устойчивости. Клеточный микроб-хозяин 13 , 632–642 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 89

    Potrykus, K. & Cashel, M. (p) ppGpp: все еще волшебно? Annu. Rev. Microbiol. 62 , 35–51 (2008).

    CAS Google ученый

  • 90

    Kaspy, I. et al. HipA-опосредованная устойчивость антибиотиков за счет фосфорилирования глутамил-тРНК-синтетазы. Nat. Commun. 4 , 3001 (2013).

    PubMed Google ученый

  • 91

    Жермен, Э., Кастро-Роа, Д., Зенкин, Н. и Гердес, К. Молекулярный механизм устойчивости бактерий с помощью HipA. Мол. Ячейка 52 , 248–254 (2013).

    CAS Google ученый

  • 92

    Хан, Дж., Таннер, А. В., Карабетта, В. Дж., Кристя, И. М. и Дубнау, Д.Взаимодействие ComGA – RelA и персистенция в K-состоянии Bacillus subtilis . Мол. Microbiol. 97 , 454–471 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 93

    Гердес К. и Мезоннев Е. Устойчивость бактерий и токсин-антитоксиновые локусы. Annu. Rev. Microbiol. 66 , 103–123 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 94

    Гиргис, Х.С., Харрис, К. и Тавазой, С. Большой размер мутационной мишени для быстрого появления бактериальной персистенции. Proc. Natl Acad. Sci. США 109 , 12740–12745 (2012).

    CAS PubMed Google ученый

  • 95

    Хансен, С., Льюис, К. и Вулич, М. Роль глобальных регуляторов и метаболизма нуклеотидов в толерантности к антибиотикам в Escherichia coli . Антимикробный. Агенты Chemother. 52 , 2718–2726 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 96

    Spoering, A. L., Vulic, M. & Lewis, K. GlpD и PlsB участвуют в образовании клеток-персистеров в Escherichia coli . J. Bacteriol. 188 , 5136–5144 (2006).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 97

    Васкес-Ласлоп, Н., Ли, Х. и Нейфах, А.A. Повышенная стойкость в Escherichia coli , вызванная контролируемой экспрессией токсинов или других неродственных белков. J. Bacteriol. 188 , 3494–3497 (2006).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 98

    Shan, Y., Lazinski, D., Rowe, S.E., Camili, A. & Lewis, K. Генетические основы устойчивой толерантности к аминогликозидам в Escherichia coli . мБио 6 , e00078-15 (2015).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 99

    Балабан, Н.К. Персистентность: механизмы запуска и усиления фенотипической изменчивости. Curr. Opin. Genet. Dev. 21 , 768–775 (2011).

    CAS PubMed Google ученый

  • 100

    Casadesus, J. & Low, D. A. Запрограммированная гетерогенность: эпигенетические механизмы у бактерий. J. Biol. Chem. 288 , 13929–13935 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 101

    Ха, Д. и Полссон, Дж. Негенетическая гетерогенность от стохастического разделения при делении клеток. Nat. Genet. 43 , 95–100 (2011).

    CAS Google ученый

  • 102

    Цимринг Л.С. Шум в биологии. Rep. Progress Phys. 77 , 026601 (2014).

    Google ученый

  • 103

    Gelens, L., Hill, L., Vandervelde, A., Danckaert, J. & Loris, R. Общая модель динамики токсин-антитоксинового модуля может объяснить образование клеток-персистеров в E. coli . PLoS Comput. Биол. 9 , e1003190 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 104

    Maisonneuve, E., Шекспир, Л. Дж., Йоргенсен, М. Г. и Гердес, К. Устойчивость бактерий с помощью эндонуклеаз РНК. Proc. Natl Acad. Sci. США 108 , 13206–13211 (2011).

    CAS Google ученый

  • 105

    Helaine, S. et al. Интернализация Salmonella макрофагами вызывает образование нереплицирующихся персистеров. Наука 343 , 204–208 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 106

    Олдридж, Б.B. et al. Асимметрия и старение микобактериальных клеток приводят к изменчивому росту и чувствительности к антибиотикам. Наука 335 , 100–104 (2012).

    CAS Google ученый

  • 107

    Кизер, К. Дж. И Рубин, Э. Дж. Как сестры расходятся: рост и деление микобактерий. Nat. Rev. Microbiol. 12 , 550–562 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 108

    Vaubourgeix, J.и другие. Стрессовые микобактерии используют шаперон ClpB для асимметричной изоляции необратимо окисленных белков внутри и между клетками. Клеточный микроб-хозяин 17 , 178–190 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 109

    Ву, Ю. X., Вулич, М., Керен, И., Льюис, К. Роль оксидативного стресса в стойкой толерантности. Антимикробный. Агенты Chemother. 56 , 4922–4926 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 110

    Сонг, Ю., Рубио, А., Джаясвал, Р. К., Сильверман, Дж. А. и Уилкинсон, Б. Дж. Дополнительные пути к устойчивости к даптомицину Staphylococcus aureus , выявленные сравнительным секвенированием генома, транскрипционным профилированием и фенотипическими исследованиями. PLoS ONE 8 , e58469 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 111

    Брем-Штехер, Б.Ф. и Джонсон, Э. А. Одноклеточная микробиология: инструменты, технологии и приложения. Microbiol. Мол. Биол. Ред. 68 , 538–559 (2004).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 112

    Ping, W. et al. Устойчивый рост Escherichia coli . Curr. Биол. 20 , 1099–1103 (2010).

    Google ученый

  • 113

    Иино, р., Мацумото, Ю., Нишино, К., Ямагути, А. и Нодзи, Х. Разработка крупномасштабного массива фемтолитровых капель для одноклеточного анализа устойчивых к лекарствам и устойчивых к лекарствам бактерий. Фронт. Microbiol. 4 , 300 (2013).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 114

    Shah, D. et al. Персистеры: отчетливое физиологическое состояние E. coli . BMC Microbiol. 6 , 53 (2006).

    PubMed PubMed Central Google ученый

  • 115

    Орман, М. А. и Бринилдсен, М. П. Создание метода быстрого анализа метаболизма персистеров бактерий. Антимикробный. Агенты Chemother. 57 , 4398–4409 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google ученый

  • 116

    Jarzembowski, T., Wisniewska, K., Jozwik, A.& Витковски, Дж. Гетерогенность метициллин-устойчивых штаммов Staphylococcus aureus (MRSA), охарактеризованная методом проточной цитометрии. Curr. Microbiol. 59 , 78–80 (2009).

    CAS PubMed Google ученый

  • Рейтинг наиболее терпимых и наименее терпимых государств

    За четыре с лишним десятилетия, прошедшие с момента убийства Мартина Лютера Кинга-младшего, Америка, несомненно, приблизилась к стране, где людей судят больше по содержанию их характера, чем по цвету кожи. кожи — пола, религии или сексуальной ориентации.В честь сегодняшнего национального праздника и учитывая дебаты, вызванные резней в Тусоне девять дней назад, The Daily Beast стремилась изучить, какие штаты являются наиболее терпимыми, разработав тщательную систему баллов, которая измеряет жителей каждого штата на основе их действий и мнения, а также объем государственных законов, гарантирующих равные права и защиту, что отражает более широкую политическую волю.

    Галерея: Рейтинг наиболее толерантных штатов

    В частности, для каждого штата мы рассматривали количество преступлений на почве ненависти по данным ФБР, степень законности преступлений на почве ненависти, количество жалоб на дискриминацию, поданных через Управление справедливого жилищного строительства и Равные возможности, степень соблюдения законов о справедливом жилье и справедливом рабочем месте, процент жителей, поддерживающих однополые браки, объем законных прав для однополых пар и процент жителей, исповедующих различные религии.Мы измерили объем статутов о преступлениях на почве ненависти с помощью ресурсов Антидиффамационной лиги, в том числе каталога ADL о преступлениях на почве ненависти по штатам. Каждому штату была присвоена оценка по 100 баллов. Связи были разорваны на основе статистики преступлений на почве ненависти — если общее количество очков совпадало, штат с меньшим количеством преступлений на почве ненависти в прошлом году занимал более высокое место. Итак, каково ваше положение по шкале терпимости? Кликните сюда. Полную методологию читайте ниже.

    Щелкните здесь, чтобы увидеть полный список

    МЕТОДОЛОГИЯ

    — Число преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей = максимум 20 баллов

    Баллы были начислены на основе процентиля.Государству в 90-м процентиле (с наименьшим количеством преступлений на почве ненависти) было присвоено 20 баллов. Штату, находящемуся в 80-м процентиле, было присвоено 18 баллов и т. Д. Статистика соответствует статистике преступлений на почве ненависти ФБР за 2009 год, за исключением Гавайев, которые не передали статистику в ФБР, а составили свой собственный отчет через офис генерального прокурора штата. .

    — Законодательный объем преступлений на почве ненависти = Максимум 20 баллов

    Каждый штат получил следующее количество баллов на основании его положений закона о ненависти:

    — Штат требует сбора данных в государственное агентство (+2 балла)

    — включает данные о преступлениях на почве ненависти на почве сексуальной ориентации (+1) — включают данные о преступлениях на почве ненависти на основании пола (+1)

    — Предлагает тренинг по преступлениям на почве ненависти для правоохранительных органов (+2) — Определение преступления на почве ненависти включает институциональный вандализм (+2) — Создает гражданский иск для потерпевших (+2) — Включает раздел об уголовном наказании за насилие и запугивание, мотивированное предубеждением (+2)

    — Раздел включает уголовную ответственность за вмешательство в религиозное поклонение (+1)

    — Законы о преступлениях на почве ненависти предлагают защиту на основе:

    — политическая принадлежность (+1) — возраст (+1) — трансгендерная / гендерная идентичность (+1) — пол (+1) — инвалидность (+1) — сексуальная ориентация (+1) — раса, религия, этническая принадлежность ( +1)

    — Жалобы о дискриминации поданы на 10 человек 0,000 жителей = максимум 20 баллов

    баллов были начислены на основе процентиля.Государству в 90-м процентиле (с наименьшим количеством поданных жалоб) было присвоено 20 баллов. Штату, находящемуся в 80-м процентиле, было присвоено 18 баллов и т. Д. Статистические данные приведены по данным Управления справедливого жилищного строительства и равных возможностей за 2006–2010 годы.

    — Сфера действия законов, запрещающих дискриминацию Законодательная сфера действия = Максимум 20 баллов

    Каждый штат получил следующее количество баллов на основании своих антидискриминационных законов:

    — Частным работодателям не разрешается принимать решения на основании:

    Возраст (+1) Родословная (+1) Инвалидность (+1) СПИД / ВИЧ (+1) Пол (+1) Семейное положение (+1) Беременность, роды (+1) Раса или цвет кожи (+1) Религия или вероисповедание (+1) Сексуальная ориентация (+1)

    — Законы о справедливом жилье защищают от дискриминации на основе:

    Возраст (+1) Родословная (+1) Инвалидность (+1) СПИД / ВИЧ (+1) Пол (+ 1) Семейное положение (+1) Беременность, роды (+1) Раса или цвет кожи (+1) Религия или вероисповедание (+1) Сексуальная ориентация (+1)

    -Процент сторонников религиозной терпимости = максимум 10 баллов

    Государствам с более чем 80% -ной поддержкой было присвоено 10 баллов, с более чем 70-процентной поддержкой — 8 баллов, с более чем 60% -ой поддержкой — 6 баллов. oints, при поддержке более чем 50% было дано 4 балла, а при поддержке 40% поддержки или меньше было дано 2 балла.Данные основаны на опросе Pew Survey 2008 года, представляющем процент населения, которое считает, что многие религии могут привести к вечной жизни.

    -Процент сторонников однополых браков 2010 = максимум 5 баллов

    Штатам с более чем 80% -ной поддержкой было присвоено 5 баллов, с более чем 60% -ной поддержкой было дано 4 балла, с более чем 40-процентной поддержкой дано 3 балла, при поддержке более 20% дано 2 балла, а при поддержке 20% или меньше дано 1 балл. Статистические данные основаны на прогнозах, составленных профессорами политологии Колумбийского университета на основе данных национального опроса.

    — Объем юридических прав для однополых пар = Максимум 5 баллов

    -запрещает однополые браки (-2 балла) -лицензии на однополые браки (+2 балла) -уважает брак однополых пар из других юрисдикций (+1 балл) — законные права для однополых (+2 балла)

    1, Висконсин Оценка толерантности : 77 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 27 из 40 Оценка дискриминации : 39 из 40 Оценка прав геев : 3 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Число преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.0 (10 из 50 штатов) Число зарегистрированных дел о дискриминации на 100 000 жителей : 9,2 (5 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 44% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 79%

    2, Мэриленд Оценка толерантности : 75 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 25 из 40 Оценка дискриминации : 37 из 40 Оценка прав геев : 5 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.8 (19 из 50 штатов) Число возбужденных дел о дискриминации на 100 000 жителей : 7,8 (1 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 51% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 72%

    3, Иллинойс Оценка толерантности : 74 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 30 из 40 Оценка дискриминации : 31 из 40 Оценка прав геев : 5 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.5 (16 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 14,5 (24 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 48% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 74%

    4, Пенсильвания Оценка толерантности : 72 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 29 из 40 Оценка дискриминации : 31 из 40 Оценка прав геев : 4 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 0.4 (5 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 11,8 (13 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 51% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 75%

    5, Гавайи Оценка толерантности : 71 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 34 из 40 Оценка дискриминации : 27 из 40 Оценка прав геев : 4 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 0.1 (1 из 50 штатов) Число возбужденных дел о дискриминации на 100 000 жителей : 20,3 (35 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 54% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 66%

    6, Калифорния Оценка толерантности : 70 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 30 из 40 Оценка дискриминации : 29 из 40 Оценка прав геев : 5 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 2.7 (29 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 15,9 (28 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 56% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 67%

    7, Миннесота Оценка толерантности : 70 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 21 из 40 Оценка дискриминации : 38 из 40 Оценка прав геев : 3 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 6.0 (49 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 8,7 (4 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 47% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 74%

    8, Нью-Джерси Оценка толерантности : 69 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 35 из 40 Оценка прав геев : 8 из 10 Религия Оценка толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 6.3 (50 из 50 штатов) Число возбужденных дел о дискриминации на 100 000 жителей : 12,1 (14 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 55% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 74%

    9, Нью-Гэмпшир Оценка толерантности : 68 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 32 из 40 Оценка прав геев : 10 из 10 Религия Оценка толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 2.1 (21 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 12,3 (16 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 55% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 79%

    10, Нью-Мексико Оценка толерантности : 67 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 32 из 40 Оценка дискриминации : 25 из 40 Оценка прав геев : 4 из 10 Религия Оценка толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.3 (12 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 12,2 (15 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 49% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 62%

    11, Вирджиния Оценка толерантности : 66 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 24 из 40 Оценка дискриминации : 35 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.9 (20 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100 000 жителей : 8,5 (2 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 42% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 69%

    12, Айова Оценка толерантности : 64 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 34 из 40 Оценка дискриминации : 16 из 40 Оценка прав геев : 6 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 0.6 (7 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 37,5 (48 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 44% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 73%

    13, Северная Каролина Оценка толерантности : 63 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 25 из 40 Оценка дискриминации : 30 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Религия Оценка толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.1 (11 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 11,5 (10 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 36% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 62%

    14, Коннектикут Оценка толерантности : 63 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 27 из 40 Оценка прав геев : 10 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 5.6 (47 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 16,8 (30 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 57% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 73%

    15, Флорида Оценка толерантности : 61 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 32 из 40 Оценка дискриминации : 21 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 0.7 (9 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 18,7 (32 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 41% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 72%

    16, Луизиана Оценка толерантности : 59 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 34 из 40 Оценка дискриминации : 19 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 0.5 (6 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 14,8 (25 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 36% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 70%

    17, Нью-Йорк Оценка толерантности : 59 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 27 из 40 Оценка прав геев : 6 из 10 Религия Оценка толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 3.3 (35 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 17,8 (31 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 58% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 77%

    18, Массачусетс Оценка толерантности : 59 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 23 из 40 Оценка прав геев : 10 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 5.1 (43 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 21,1 (37 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 62% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 79%

    19, Западная Вирджиния Оценка толерантности : 58 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 24 из 40 Оценка дискриминации : 26 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Религия Оценка толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 1.4 (13 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 12,6 (18 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 41% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 70%

    20, Невада Оценка толерантности : 58 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 25 из 40 Оценка дискриминации : 23 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Религиозная терпимость Оценка : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей : 2.1 (23 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей : 15,9 (27 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки : 50% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни : 73%

    21, Монтана Оценка толерантности : 58 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 15 из 40 Оценка дискриминации : 36 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Религиозная терпимость оценка : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.9 (30 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 8,7 (3 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 45% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 63%

    22, Род-Айленд Оценка толерантности : 57 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 22 из 40 Оценка дискриминации : 22 из 40 Оценка прав геев : 5 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.4 (37 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 24,4 (45 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 60% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 73%

    23, Аляска Оценка толерантности : 56 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 13 из 40 Оценка дискриминации : 34 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.1 (31 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 9,3 (6 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 45% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 77%

    24, Вашингтон Оценка толерантности : 56 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 22 из 40 Оценка дискриминации : 22 из 40 Оценка прав геев : 6 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.1 (32 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 20,6 (36 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 54% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 68%

    25, Вермонт Оценка толерантности : 56 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 16 из 40 Оценка дискриминации : 22 из 40 Оценка прав геев : 10 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 4.0 (39 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 21,7 (39 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 59% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 79%

    26, Орегон Оценка толерантности : 56 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 28 из 40 Оценка прав геев : 4 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 5.5 (45 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 12,9 (20 штатов из 50) Население, поддерживающее однополые браки :: 52% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 70%

    27, Мэн Оценка толерантности : 55 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 19 из 40 Оценка дискриминации : 19 из 40 Оценка прав геев : 7 из 10 Оценка религиозной толерантности : 10 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.8 (38 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 22,5 (40 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 55% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 82%

    28, Делавэр Оценка толерантности : 53 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 13 из 40 Оценка дискриминации : 28 из 40 Оценка прав геев : 4 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 4.2 (40 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100 000 жителей :: 15,8 (26 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 50% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 71%

    29, Техас Оценка толерантности : 52 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 32 из 40 Оценка дискриминации : 15 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 0.7 (8 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 18,8 (34 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 35% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 65%

    30, Мичиган Оценка толерантности : 52 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 21 из 40 Оценка дискриминации : 22 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.2 (34 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100 000 жителей :: 21,2 (38 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 46% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 72%

    31, Колорадо Оценка толерантности : 52 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 16 из 40 Оценка дискриминации : 26 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 4.2 (41 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 10,3 (8 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 52% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 72%

    32, Грузия Оценка толерантности : 50 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 24 из 40 Оценка дискриминации : 21 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 0.1 (2 из 50 штатов) Число возбужденных дел о дискриминации на 100 000 жителей :: 12,5 (17 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 34% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 63%

    33, Индиана Оценка толерантности : 49 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 18 из 40 Оценка дискриминации : 21 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 1.5 (14 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 16,4 (29 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 37% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 73%

    34, Теннесси Оценка толерантности : 49 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 21 из 40 Оценка дискриминации : 23 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.7 (26 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 13,8 (23 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 31% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 63%

    35, Оклахома Оценка толерантности : 48 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 25 из 40 Оценка дискриминации : 18 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 1.6 (17 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 13,8 (22 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 26% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 65%

    36, Южная Каролина Оценка толерантности : 48 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 13 из 40 Оценка дискриминации : 30 из 40 Оценка прав геев : -1 из из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.7 (27 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 10,6 (9 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 32% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 61%

    37, Миссури Оценка толерантности : 47 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 24 из 40 Оценка дискриминации : 15 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.1 (22 из 50 штатов) Дела о дискриминации, возбужденных на 100 000 жителей :: 29,4 (46 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 37% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 73%

    38, Миссисипи Оценка толерантности : 46 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 27 из 40 Оценка дискриминации : 16 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 4 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 0.2 (3 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100 000 жителей :: 11,6 (11 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 27% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 59%

    39, Южная Дакота Оценка толерантности : 46 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 10 из 40 Оценка дискриминации : 28 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 5.8 (48 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 9,4 (7 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 38% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 79%

    40, Алабама Оценка толерантности : 44 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 26 из 40 Оценка дискриминации : 15 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 4 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 0.3 (4 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100 000 жителей :: 12,8 (19 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 26% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 59%

    41, Кентукки Оценка толерантности : 43 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 14 из 40 Оценка дискриминации : 24 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 4.7 (42 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 13,4 (21 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 31% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 69%

    42, Северная Дакота Оценка толерантности : 42 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 16 из 40 Оценка дискриминации : 18 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.3 (25 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 32,8 (47 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 38% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 79%

    43, Аризона Оценка толерантности : 42 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 20 из 40 Оценка дискриминации : 15 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.4 (36 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 18,7 (33 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 48% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 64%

    44, Юта Оценка толерантности : 41 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 16 из 40 Оценка дискриминации : 24 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 2 из 10 случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 1.7 (18 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100 000 жителей :: 11,8 (12 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 22% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 45%

    45, Айдахо Оценка толерантности : 41 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 22 из 40 Оценка дискриминации : 16 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 4 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.3 (24 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 23,9 (42 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 33% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 60%

    46, Огайо Оценка толерантности : 40 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 15 из 40 Оценка дискриминации : 16 из 40 Оценка прав геев : 1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 3.1 (33 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100 000 жителей :: 24,2 (44 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 45% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 76%

    47, Небраска Оценка толерантности : 40 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 17 из 40 Оценка дискриминации : 16 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 5.1 (44 из 50 штатов) Дела о дискриминации на 100000 жителей :: 38,8 (49 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 35% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 78%

    48, Канзас Оценка толерантности : 38 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 12 из 40 Оценка дискриминации : 18 из 40 Оценка прав геев : 0 из 10 Оценка религиозной толерантности : 8 из 10 Случаи преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 5.6 (46 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 23,0 (41 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 37% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 71%

    49, Арканзас Оценка толерантности : 37 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 15 из 40 Оценка дискриминации : 17 из 40 Оценка прав геев : -1 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 2.7 (28 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 23,9 (43 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 29% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 63%

    50, Вайоминг Оценка толерантности : 32 из 100 Оценка преступлений на почве ненависти : 16 из 40 Оценка дискриминации : 8 из 40 Оценка прав геев : 2 из 10 Оценка религиозной толерантности : 6 из 10 Случаев преступлений на почве ненависти на 100 000 жителей :: 1.5 (15 из 50 штатов) Поданных дел о дискриминации на 100000 жителей :: 201,9 (50 из 50 штатов) Население, поддерживающее однополые браки :: 37% Население, которое считает, что многие религии ведут к вечной жизни :: 63%

    Почему так много «толерантных» людей на самом деле нетерпимы

    Стало обычным обращать внимание на то, что те, кто больше всего проповедует «толерантность», часто сами крайне «нетерпимы».

    Но почему?

    Как пишет профессор Техасского университета и эксперт по этике Дж.Будзишевский объясняет, что это может иметь прямое отношение к толерантности как добродетели.

    Позвольте мне объяснить. Вернее, я объясню объяснение Будзишевского из его прекрасной статьи «Иллюзия морального нейтралитета». Это объяснение состоит из трех шагов:

    1) Терпимость — добродетель.

    Добродетель — это поведенческая предрасположенность, которая находится между крайностями недостатка и избытка и помогает человеку в стремлении к добру. Несмотря на беспорядок в его применении сегодня, подлинная толерантность — это добродетель, благодаря которой человек мирится с чем-то, чтобы — по словам Будзишевского — либо «предотвратить более серьезные бедствия», либо «продвинуть более крупные блага».Так, например, мы можем терпеть, когда кто-то высказывает неправильное мнение, потому что его подавление: 1) может привести к дальнейшему, более коварному подавлению свободы слова; 2) может исключить шанс проявить правду, когда противопоставлен ошибкам.

    Согласно Будзишевскому, крайности, которых следует избегать при проявлении терпимости, — это «мягкость» — «терпение с чем-то, что мы должны подавить» — и «ограниченность» — «подавление того, с чем мы должны мириться».

    2) Добродетели взаимозависимы.

    Традиция, восходящая к Фоме Аквинскому (1225–1274 гг.), Гласит, что все добродетели зависят друг от друга. Будзишевский объясняет:

    «Ибо всякая моральная добродетель зависит от практической мудрости; следовательно, если практическая мудрость нарушена, то ослабляется и всякая моральная добродетель. Но с другой стороны, практическая мудрость зависит от каждой моральной добродетели; следовательно, если какая-либо моральная добродетель нарушена, ухудшается практическая мудрость. Отсюда следует, что благодаря практической мудрости изъян любой моральной добродетели влечет за собой изъян всех остальных.”

    Подводя итог… «Практическая мудрость» означает осмотрительность, способность определять правильный образ действий в каждой ситуации. Если человеку не хватает этой добродетели, то он не может знать, как правильно проявлять добродетели, такие как терпимость, сбалансированным образом. И наоборот, если человек не знает, как быть толерантным (или умеренным, или справедливым), это означает, что этот человек не благоразумен.

    3) Люди не воспитываются в добродетелях.

    Большая проблема современного общества состоит в том, что добродетель терпимости часто изолирована и продвигается отдельно от традиционных добродетелей, таких как справедливость, воздержание, отвага и, конечно же, благоразумие.В результате получилось общество, населенное множеством людей, превозносящих терпимость, но которым не хватает мудрости, необходимой, чтобы избегать крайностей мягкости и ограниченности, описанных выше. Те, кто впадают в последнюю крайность — подавление того, с чем следует мириться, — это так называемые «толерантные» люди, которые на самом деле нетерпимы.

    Будзишевский предупреждает:

    «Мы не можем компенсировать крах всех наших добродетелей, обучая терпимости и не обращая внимания на остальное, как, кажется, думают некоторые педагоги и социальные критики; Единственное лекарство от морального краха — это моральное обновление одновременно на всех фронтах.”

    У нас много работы.

    Дэн — бывший старший научный сотрудник компании Intellectual Takeout. Он получил степень бакалавра искусств. доктор философии и католических исследований Университета Св. Томаса (Миннесота), а также его степень магистра и доктора философии. Имеет степень бакалавра систематического богословия Университета Дюкен в Питтсбурге, штат Пенсильвания. Вы можете найти его научную работу на Academia.edu. Электронная почта Dan

    Быстрое и устойчивое к SNP обнаружение сложных вариантов и сплайсинг за короткие считывания | Биоинформатика

    Аннотация

    Мотивация: Секвенирование следующего поколения фиксирует различия в последовательностях считываний относительно эталонного генома или транскриптома, включая события сплайсинга и сложные варианты, включающие множественные несовпадения и длинные вставки.Мы представляем вычислительные методы для быстрого обнаружения сложных вариантов и объединения в короткие чтения, основанные на последовательно ограниченном процессе поиска слияния и фильтрации списков позиций из геномного индекса. Наши методы реализованы в GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program), которая может выравнивать как одно-, так и парные чтения длиной до 14 нт и произвольно большой длины. Он может обнаруживать сплайсинг на короткие и длинные расстояния, включая межхромосомный сплайсинг, в отдельных считываниях, используя вероятностные модели или базу данных известных сайтов сплайсинга.Наша программа также допускает толерантное к SNP выравнивание по эталонному пространству всех возможных комбинаций основных и минорных аллелей и может выравнивать считывания из обработанной бисульфитом ДНК для исследования состояния метилирования.

    Результаты: В сравнительном тестировании GSNAP имеет скорость, сравнимую с существующими программами, особенно при считывании ≥70 нт, и является самым быстрым в обнаружении сложных вариантов с четырьмя или более несовпадениями или вставками 1–9 нт и делециями 1–30 nt. Хотя толерантность к SNP существенно не увеличивает выход выравнивания, она влияет на результаты выравнивания в 7-8% считываний транскрипции, обычно путем выявления альтернативных геномных отображений для считывания.Моделирование ДНК, преобразованной в бисульфит, показывает уменьшение однозначной идентификации геномных позиций в 6% из 36 нуклеотидов и в 3% из 70 нуклеотидов.

    Доступность: Исходный код на C и служебные программы на Perl свободно доступны для загрузки как часть пакета GMAP по адресу http://share.gene.com/gmap.

    Контакт: [email protected]

    1 ВВЕДЕНИЕ

    На сегодняшний день разработано множество программ для сопоставления коротких считываний из технологий секвенирования следующего поколения, таких как Illumina / Solexa (Хейворд, Калифорния, США) и ABI / SOLiD (Фостер-Сити, Калифорния, США), с эталонным геномом. или транскриптом.Из-за большого количества коротких чтений, которые могут быть произведены из данного образца, большое внимание уделяется скорости. Соответственно, недавние программы, такие как Bowtie (Langmead et al. , 2009), BWA (Li and Durbin, 2009) и SOAP2 (Li et al. , 2009), показали, как суффиксные массивы (Manber and Myers, 1993), сжатый с использованием преобразования Барроуза-Уиллера (BWT; Burrows and Wheeler, 1994), может быстро отображать считывания, которые являются точными совпадениями или имеют несколько несоответствий или короткие вставки или удаления (отступы) относительно ссылки.

    Помимо скорости, важно также расширить диапазон возможных вариантов, которые могут быть обнаружены при чтении, поскольку интересная биология, вероятно, будет обнаружена не только как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) или мутации из эталона, но и как более сложные явления, такие как множественные несовпадения, длинные отступы и их комбинации. Такие сложные варианты представляют собой существенный источник генетического разнообразия. Например, индели представляют 7-8% полиморфизмов человека, причем 25% кодирующих инделей длиннее 3 нт (Bhangale et al., 2005; Weber et al. , 2002). Длинные вставки, влияющие на несколько аминокислот, могут иметь серьезные биологические последствия. Более того, по мере того, как считывания продолжают удлиняться, от их исходных ∼30 нт до нынешних 75–100 нт, они с большей вероятностью будут иметь множественные или сложные отличия от эталона, что делает обнаружение сложных вариантов еще более важным.

    Другие важные биологические явления возникают в результате событий сплайсинга, которые дают представление о структуре гена, альтернативном сплайсинге, слиянии генов и хромосомных перестройках.Хотя сплайсинг может быть легко определен в длинных последовательностях EST и кДНК с использованием универсальных программ геномного картирования и выравнивания, таких как BLAT (Kent, 2002) или GMAP (Wu and Watanabe, 2005), короткие чтения представляют проблему, поскольку они часто сопоставляются с многочисленными места в геноме, и потому что они часто не обладают недостаточной специфичностью последовательности на одном или обоих концах соединения экзон-экзон, чтобы точно определить соединение.

    Одним из решений для обнаружения сплайсинга в коротких считываниях было сопоставление их с эталонным транскриптомом, возможно, дополненным искусственно созданными экзон-экзонными сегментами (Wang et al., 2008). Однако такой подход позволит идентифицировать только известные или предсказанные комбинации экзонов, а не неожиданные пары экзонов, которые возникают в результате пропуска экзонов, скрытого сплайсинга или слияния генов. Другой подход, принятый программой TopHat (Trapnell et al. , 2009), анализирует весь набор данных отображенных считываний, чтобы идентифицировать соединения сайтов сплайсинга между экзонами в данном районе. Однако этот подход требует, чтобы экзоны имели достаточно высокую экспрессию и пропустили бы события сплайсинга, которые охватываются отдельными чтениями на низком уровне.Третий подход, предоставляемый программой QPALMA (Bona et al. , 2008), может выравнивать отдельные считывания через экзон-экзонные соединения с использованием выравнивания типа Smith-Waterman и специально обученной модели сайта сплайсинга. Все эти подходы ограничиваются идентификацией только локальных экзон-экзонных стыков, а не непредвиденных событий отдаленного или межхромосомного слияния генов.

    Чтобы расширить диапазон биологических явлений, которые могут быть выведены из коротких чтений, мы разработали быстрые и эффективные с точки зрения памяти методы обнаружения сложных вариантов и сплайсинга в отдельных чтениях.Наши методы реализованы в GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program), которая может выравнивать одно- и парные чтения длиной от 14 нуклеотидов и любой длины. Наша программа может обнаруживать сращивание, множественные несоответствия, длинные отступы и их комбинации, вплоть до заданного пользователем общего количества точек, ограниченного одним сращиванием или отступом на чтение, при условии чтения (или частей чтения на каждом конце отступа или splice) имеет последовательный участок длиной 14 нуклеотидов, который соответствует эталонной последовательности (фиг. 1A).(В будущих версиях программы может быть разрешено несколько вставок или, возможно, несколько стыков за одно чтение.)

    Рис. 1.

    Примеры сложных вариантов, обнаруженных GSNAP. ( A ) 17-нуклеотидный отступ с несоответствиями в считывании (ниже) относительно геномной области (вверху), соответствующий известному полиморфизму в dbSNP. ( B ) Сплайсинг, обнаруженный с помощью вероятностных моделей, выявляет интрон в экзоне 1 HOXA9, подтвержденный экспериментально (Dintilhac et al., 2004). ( C ) Сплайсинг обнаружен с использованием известных сайтов сплайсинга, несмотря на низкие оценки вероятностной модели. Эллипсы указывают на выравнивание «половины интрона», когда считываемые данные имеют недостаточную последовательность для определения дистального экзона. ( D ) Межхромосомный сплайсинг между BCAS4 и BCAS3, обнаруженный в универсальном образце эталонной РНК человека MAQC и наблюдаемый в клеточных линиях MCF7 (Hampton et al. , 2009). ( E ) SNP-толерантное выравнивание рядом с сайтом сплайсинга позволяет обоим генотипам выравниваться одинаково хорошо.

    Рис. 1.

    Примеры сложных вариантов, обнаруженных GSNAP. ( A ) 17-нуклеотидный отступ с несоответствиями в считывании (ниже) относительно геномной области (вверху), соответствующий известному полиморфизму в dbSNP. ( B ) Сплайсинг, обнаруженный с использованием вероятностных моделей, выявляет интрон в экзоне 1 HOXA9, подтвержденный экспериментально (Dintilhac et al. , 2004). ( C ) Сплайсинг обнаружен с использованием известных сайтов сплайсинга, несмотря на низкие оценки вероятностной модели. Эллипсы указывают на выравнивание «половины интрона», когда считываемые данные имеют недостаточную последовательность для определения дистального экзона.( D ) Межхромосомный сплайсинг между BCAS4 и BCAS3, обнаруженный в универсальном образце эталонной РНК человека MAQC и наблюдаемый в клеточных линиях MCF7 (Hampton et al. , 2009). ( E ) SNP-толерантное выравнивание рядом с сайтом сплайсинга позволяет обоим генотипам выравниваться одинаково хорошо.

    Наша программа может идентифицировать сплайсинг во время коротких чтений, используя два типа свидетельств. Во-первых, он может оценить окружающую геномную последовательность, используя вероятностные модели донорных и акцепторных сайтов сплайсинга (рис.1Б). Во-вторых, он может использовать предоставленную пользователем базу данных известных границ экзон-интрон, что позволяет избежать ложноположительных и отрицательных результатов вероятностных моделей (рис. 1С). Известные сайты сплайсинга выявляют большинство альтернативных событий сплайсинга и слияния генов, которые обычно происходят через пропуск экзонов и кроссоверы между интронами. GSNAP может полагаться на один или оба этих типа свидетельств для идентификации событий сплайсинга, в том числе с несоответствиями, а также событий частичного сплайсинга или событий « полуинтрона », когда один конец имеет достаточную последовательность для выравнивания с одним экзоном, а другой конец отсутствует последовательность, достаточная для идентификации другого экзона (рис.1С). События сплайсинга могут охватывать не только короткие расстояния, наблюдаемые при нормальном или альтернативном сплайсинге, но также и удаленные внутрихромосомные делеции или инверсии и межхромосомные транслокации (Fig. 1D).

    Наша программа также реализует возможность выравнивания считываний не только по одной эталонной последовательности, но и по эталонному «пространству» всех возможных комбинаций основных и минорных аллелей из таких баз данных, как dbSNP (Sherry et al. , 2001). Выполняя выравнивание по эталонному пространству вместо одной эталонной последовательности, наша программа избегает обработки минорных аллелей как несоответствий и тем самым штрафует эти генотипы в процессе выравнивания.Полезность SNP-толерантного выравнивания проиллюстрирована примером, который первоначально предполагал соединение сплайсинга, специфичное для одного образца, но фактически было связано с двумя соседними минорными аллелями, вызывающими невозможность выравнивания считывания (рис. 1E). В SNP-толерантном выравнивании минорные аллели рассматриваются как совпадения с эталонным пространством, а не как несоответствия с эталонной последовательностью. Эта идея была реализована в другом месте (Manske and Kwiatkowski, 2009), но таким способом, который требует 29 ГБ памяти для SNP-толерантного выравнивания с геномом человека.В этой статье мы покажем, как эта функция может быть реализована с гораздо меньшими требованиями к памяти.

    Наши методы могут быть обобщены для других задач, таких как картирование считываний ДНК, обработанных бисульфитом натрия (BS), для изучения состояния метилирования (Lister and Ecker, 2009). BS превращает каждый неметилированный цитозин в геномной ДНК в урацил, который впоследствии появляется как тимин при чтении. Считывания из ДНК, преобразованной в BS, имеют высокий уровень ошибок, что обеспечивает дополнительную мотивацию для эффективного обнаружения множественных несовпадений.Хотя существующие программы выравнивания могут быть адаптированы для обработки таких данных путем преобразования всех цитозинов в тимины как в эталонной последовательности, так и в считывании (Deng et al., 2009), одна тонкая проблема заключается в том, что этот подход скрывает несоответствия между эталонными тиминами и считываемыми данными. цитозины. Структуры данных в GSNAP позволяют выравнивать чтения BS-seq с явным обнаружением несовпадений геномного-T и чтения-C либо с эталонной последовательностью, либо с толерантным к SNP эталонным пространством.

    2 МЕТОДА

    2.1 Обзор

    Мы рассматриваем выравнивание как проблему поиска в пространстве геномных областей в эталонной последовательности или комбинациях областей, если допускаются пробелы. (Хотя эталонная последовательность может состоять из хромосом, контигов, транскриптов или искусственных сегментов, мы упрощаем наш дискурс, называя ее «геномом».) Поиск включает в себя этапы генерации, фильтрации и проверки кандидатных геномных областей, и его эффективность зависит от по разработке этапов генерации и фильтрации для получения как можно меньшего количества кандидатов.Несколько программ выравнивания, включая MAQ (Li et al. , 2008a), RMAP (Smith et al. , 2008), SeqMap (Jiang and Wong, 2008) и RazerS (Weese et al. , 2009), предварительно обработать считанные данные, а затем сгенерировать и отфильтровать кандидатные области генома путем сканирования индекса чтения по геному.

    Для больших геномов более эффективна предварительная обработка генома, чем считывание для создания файлов геномных индексов, которые предоставляют геномные позиции для данного олигомера.Геномная индексация также позволяет выровнять части считывания с произвольными геномными областями, что необходимо для обнаружения сплайсинга на большом расстоянии. Индексирование необходимо выполнять только один раз для каждой эталонной последовательности, чтобы полученные индексные файлы можно было использовать в каждом новом наборе данных. Олигомеры любой длины могут быть проиндексированы с использованием массива суффиксов или его сжатого эквивалента BWT, как используется в Bowtie, BWA и SOAP2, которые могут компактно представлять эталонную последовательность в 2 ГБ для генома размером с человека в 3 миллиарда нуклеотидов.

    Однако, когда алгоритму требуется только один олигомер длиной q , простая хеш-таблица (Ning et al., 2001) или q -граммового индекса (Rasmussen et al. , 2006), примененного к геному, будет достаточно (рис. 2A). Эта структура данных состоит из файла смещения (или таблицы поиска) всех возможных q -меров с указателями на файл позиций (или таблицу вхождений), содержащий список геномных позиций для каждого q -меров. Чтобы наш алгоритм поиска работал наиболее эффективно, важно, чтобы каждый список позиций в файле позиций был предварительно отсортирован, что позволяет быстро вычислять пересечения между несколькими поисковыми запросами q -mer.Процесс пересечения также требует, чтобы позиции в каждом списке позиций были скорректированы во время выполнения для его положения в данном чтении, чтобы они соответствовали диагоналям в матрице выравнивания между геномом и чтением. Хотя наш алгоритм выравнивания потенциально может работать с другой структурой данных, которая предоставляет геномные позиции для данного q -mer, суффиксный массив потребует дополнительного этапа сортировки каждого списка позиций во время выполнения.

    Рис.2.

    Представляет эталонную последовательность и эталонное пространство для геномного выравнивания. ( A ) Хэш-таблица состоит из файла смещения возможных 12-ти мер и файла позиций, содержащего отсортированный список геномных позиций для каждого 12-мера. ( B ) SNP в геномном 12-мере представлены путем дублирования позиций в списках для всех комбинаций основных и минорных аллелей в 12-мере. ( C ) Основные аллели представлены в одном сжатом геноме, а минорные аллели представлены в другом сжатом геноме.

    Рис. 2.

    Представляет эталонную последовательность и эталонное пространство для геномного выравнивания. ( A ) Хэш-таблица состоит из файла смещения возможных 12-ти мер и файла позиций, содержащего отсортированный список геномных позиций для каждого 12-мера. ( B ) SNP в геномном 12-мере представлены путем дублирования позиций в списках для всех комбинаций основных и минорных аллелей в 12-мере. ( C ) Основные аллели представлены в одном сжатом геноме, а минорные аллели представлены в другом сжатом геноме.

    Набор из n отсортированных списков может быть объединен во времени O ( l log n ), где l — сумма длин списков, с помощью процедуры многостороннего слияния на основе кучи (Кнут, 1973). Процедура слияния может дать не только список возможных геномных регионов, но также информацию о подсчете и местоположении чтения списков позиций, которые поддерживают каждый регион. Эта вспомогательная информация может предоставить свидетельство о количестве несоответствий при чтении и, следовательно, может использоваться для фильтрации областей-кандидатов.

    Для эффективного использования многостороннего слияния наш алгоритм основан на другой идее, а именно на последовательных ограничениях очков. Для данного считывания наша программа предназначена для сообщения о «наилучшем» выравнивании или выравнивании, о тех, которые имеют самый низкий балл, основанный на несоответствиях, плюс штраф за разрыв открытия для отступа или сращивания. Таким образом, наш процесс поиска ограничен последовательно возрастающим уровнем оценки K , начиная с K = 0 для точного совпадения и заканчивая либо успешным выравниванием примерно на уровне K , либо максимальным уровнем оценки, указанным в Пользователь.Помимо поиска наилучшего совмещения, процесс ограниченного поиска также может находить субоптимальные сопоставления, продолжая поиск на последующих уровнях оценки, превышающих первый или оптимальный, который дает сопоставление. Наш алгоритм также может найти исчерпывающий набор выравниваний до заданного уровня оценки, выполнив поиск на этом уровне оценки и сообщив обо всех результатах.

    В зависимости от ограничения оценки K и длины чтения L процесс многостороннего слияния может быть сформулирован двумя различными способами для генерации и фильтрации геномных областей.Для низких значений K , включающих отсутствие или несколько несовпадений относительно L , мы применяем процедуру слияния, основанную на охватывающем наборе олигомеров, который фильтрует области генома на основе количества из q -меров. которые поддерживают регион. Для более высоких уровней K , включающих большее количество несовпадений, мы применяем процедуру слияния на основе полного набора олигомеров, которая фильтрует геномные области на основе шаблона из q -меров, которые поддерживают область.Критерии, основанные на подсчете и на основе шаблонов, обеспечивают нижнюю границу количества несоответствий, присутствующих при чтении или его части. Если нижняя граница превышает заданное ограничение количества K разрешенных несовпадений, считывание может быть отфильтровано, и его не нужно проверять по геному для определения фактического количества несовпадений.

    Хеш-таблица относительно велика и требует 12 ГБ для представления генома размером с человека, если каждый перекрывающийся олигомер проиндексирован. Соответственно, SOAP (Li et al., 2008b) требуется 14 ГБ памяти для обработки генома размером с человека. Хотя современные компьютеры обычно имеют достаточно физической памяти для запросов к таким большим хеш-таблицам, меньшие структуры данных могут ускорить выполнение программ за счет более эффективного использования ресурсов подкачки памяти и кэширования. Мы можем уменьшить размер хеш-таблицы, выбрав геномные олигомеры, которые проиндексированы в таблице. В нашей программе мы индексируем 12меров каждые 3 нт в геноме, что уменьшает размер хеш-таблицы генома человека до 4 ГБ.В результате наш алгоритм разработан для использования хэш-таблицы, выборки которой производятся каждые 3 нт, и при этом достигается полная чувствительность, как если бы каждый перекрывающийся олигомер был проиндексирован.

    Схема индексации хэш-таблицы может быть расширена для одинакового выравнивания основных и минорных аллелей при SNP-толерантном выравнивании. (Для простоты обсуждения мы называем аллели в эталонной последовательности «основными», а их соответствующие альтернативные версии — «второстепенными», независимо от их фактических частот в популяции.) Поскольку хеш-таблица представляет геном в q Более того, он может сравнительно просто представить огромное пространство всех комбинаций основных и второстепенных аллелей.

    Чтобы построить SNP-толерантную хеш-таблицу, мы сканируем геном и обрабатываем каждый выбранный геномный q -мер, который содержит один или несколько SNP, генерируя каждую возможную комбинацию основных и второстепенных аллелей, содержащихся внутри, и дублируя это геномное положение. за каждый сформированный q -мер. Наконец, мы повторно отсортируем список позиций для каждого q -меров (рис. 2B). Поиск в этой хэш-таблице любой комбинации основных и минорных аллелей в -мере q в данной геномной позиции будет содержать желаемую позицию.Наш опыт показывает, что хэш-таблица, толерантная к SNP, лишь немного больше оригинала. Когда мы включаем 12 миллионов SNP из dbSNP версии 129 в человеческий геном версии 36, размер хеш-таблицы увеличивается с 3,8 до 4,0 ГБ. Наш алгоритм построения требует, чтобы у компьютера было достаточно памяти для хранения хеш-таблицы, поэтому для генома размером с человека требуется 4 ГБ. Проверка толерантным к SNP способом обсуждается в разделе 2.4.

    2.2 Генерация и фильтрация связующего набора

    Покровный набор — это минимальный набор из 12 мер, покрывающий считываемое значение (рис.3). Эта структура использует принцип ячеек, согласно которому количество не поддерживающих 12 участников — тех, которые не могут содержать данную позицию в своем соответствующем списке позиций — обеспечивает нижнюю границу количества несовпадений при считывании. Однако реализация этого принципа «ячеек» усложняется тем, что мы используем выборку в хэш-таблице, что создает неопределенность относительно фазы выровненного чтения относительно выбранных геномных 12меров. Следовательно, программа должна построить шесть покрывающих наборов, по одному для каждого сдвига на 0, 1 или 2 нт как в прямом, так и в обратном направлениях дополнения (рис.3А). Кроме того, выборочные хэш-таблицы обеспечивают доступность информации о геномной позиции только с интервалами в 3 нт, что приводит к неполной информации для 12 участников, которые выступают за границы чтения. Чтобы справиться с такими случаями, программа вычисляет список позиций для 12-мера, который выступает за конец считывания на 1 или 2 нт, путем замены всех возможных нуклеотидов в выступающих позициях и объединения полученных списков позиций (рис. 3B).

    Рис.3.

    Метод связующего множества для генерации и фильтрации кандидатов на несовпадение. ( A ) Считывание длиной 62 нт анализируется при сдвигах в 0, 1 и 2 нт, с охватывающими наборами, каждый из которых состоит из пяти элементов. Элементы на концах могут выступать за концы на 1 или 2 н. Подробно показаны элементы связующего множества для сдвига 2 нт. ( B ) Нависающий 12-мерный элемент представлен объединением списков, полученных в результате поиска в хэш-таблице всех возможных замен для выступа. ( C ) Перекрывающиеся 12 участников представлены пересечением их списков позиций.( D ) Элементы, используемые для генерации кандидатов (серые). ( E ) Элементы, используемые для фильтрации кандидатов (белые). Область-кандидат (черная) поддерживается двумя генерирующими элементами и проверяется на поддержку в остальных фильтрующих элементах.

    Рис. 3.

    Метод Spanning Set для генерации и фильтрации кандидатов на несовпадение. ( A ) Считывание длиной 62 нт анализируется при сдвигах в 0, 1 и 2 нт, с охватывающими наборами, каждый из которых состоит из пяти элементов.Элементы на концах могут выступать за концы на 1 или 2 н. Подробно показаны элементы связующего множества для сдвига 2 нт. ( B ) Нависающий 12-мерный элемент представлен объединением списков, полученных в результате поиска в хэш-таблице всех возможных замен для выступа. ( C ) Перекрывающиеся 12 участников представлены пересечением их списков позиций. ( D ) Элементы, используемые для генерации кандидатов (серые). ( E ) Элементы, используемые для фильтрации кандидатов (белые).Область-кандидат (черная) поддерживается двумя генерирующими элементами и проверяется на поддержку в остальных фильтрующих элементах.

    Еще одна сложность заключается в том, что охватывающий набор часто содержит 12 перекрывающихся членов. Чтобы решить эту проблему, мы рассматриваем перекрывающуюся пару из 12 элементов как один «элемент» в остовном наборе со списком позиций, равным пересечению двух составных списков позиций (рис. 3C). Результирующий набор элементов не перекрывается, поэтому теперь действует принцип «ящика», где k не поддерживающих элементов подразумевают нижнюю границу k несовпадений, и область может быть отфильтрована, если k > K .Может быть несколько вариантов для пары из 12 элементов, которые перекрываются для создания единого элемента; наша программа эвристически выбирает 12-член с самым длинным списком позиций или объединением списков позиций в качестве места перекрытия, потому что операция пересечения с этим 12-м членом, вероятно, исключит наибольшее количество позиций из последующего рассмотрения.

    Хотя мы могли бы использовать все элементы связующего набора для генерации кандидатов, а затем перейти к этапу проверки, мы можем ускорить наш алгоритм, если обозначим некоторые элементы для генерации кандидатов (рис.3D), а остальные оставьте для отдельного этапа фильтрации (рис. 3E). Это разделение труда предназначено для уменьшения сложности O ( l log n ) для очереди приоритетов на основе кучи, которая линейна в l . Если мы проверим отсортированный список длиной l i на наличие данной позиции на этапе фильтрации, это можно сделать за логарифмическое время O (log l i ) через процесс двоичного поиска.Следовательно, наш метод выполняет слияние на основе кучи некоторых списков позиций (генерирующих элементов) и подсчитывает количество элементов, которые поддерживают каждую из результирующих областей-кандидатов. Если это количество достаточно велико, чтобы допустить возможность того, что K или меньше всего элементов будут неподдерживающими, тогда область-кандидат подвергается этапу фильтрации, который проверяет каждый из фильтрующих элементов на предмет поддержки. Алгоритм исключает кандидата, если более тыс. элементов не поддерживают; в противном случае регион подвергается этапу проверки, чтобы определить фактическое количество несовпадений.

    Мы сделали реализацию нашего метода покрывающих множеств эффективной различными способами. Во-первых, программа выбирает элементы с самыми короткими списками позиций в качестве генерирующих элементов, а самые длинные — для фильтрующих элементов, потому что, хотя каждая позиция в генерирующих элементах должна быть обработана, только некоторые из них в фильтрующих элементах должны быть обработаны. Во-вторых, мы поддерживаем указатель на каждом фильтрующем элементе и продвигаем этот указатель только тогда, когда мы проверяем его поддержку, с помощью скачкообразного двоичного поиска (Hwang and Lin, 1980).В-третьих, фильтрующие элементы, которые включают объединения или пересечения списков позиций, не нуждаются в том, чтобы эти операции с множеством вычислялись явно, но вместо этого могут быть представлены их составными списками позиций, и поддержка проверяется путем выполнения соответствующих дизъюнктивных или конъюнктивных поисков, когда это необходимо.

    Распределение N общих элементов между целями генерации и фильтрации зависит от уровня оценки ограничения K разрешенных несоответствий. По крайней мере ( K + 1) элементов должны быть генерированы, чтобы гарантировать, что по крайней мере один генерирующий элемент имеет поддержку области-кандидата, когда K других генерирующих элементов нет.Мы обнаружили эмпирическим путем, что для K > 1 более эффективно выделить ( K + 2) элементов для целей генерации, поскольку потребность в двух поддерживающих элементах значительно снижает количество генерируемых областей-кандидатов.

    Поскольку для метода остовного набора требуется по крайней мере ( K + 2) генерирующих элементов [или ( K + 1) для ограничений точного и одного несоответствия], его можно использовать для обнаружения только ограниченного количества несоответствий. относительно длины чтения L , что ограничивает общее количество элементов N .Элементы связующего набора не перекрываются во всех трех сменах, когда L = 10 (mod 12), поэтому N ≤⌊ ( L + 2) / 12⌋. Следовательно, ( K + 1) < N или ( K + 2) < N указывает, что метод остовного набора может быть применен к уровню ограничения K , когда K = 0 для 14≤ L ≤21; K ≤1 для 22≤ L ≤33; и K ≤⌊ ( L +2) / 12⌋ − 2 для L ≥34.

    2.3 Генерация комплекта и фильтрация

    Чтобы обработать большее количество несовпадений, чем те, которые можно обнаружить с помощью метода охватывающего набора, мы используем стратегию, основанную на полном наборе перекрывающихся 12меров. Этот метод полного набора работает для любого уровня ограничения K разрешенных несовпадений, пока считывающая и кандидатная области имеют 14 последовательных совпадений (12-мерный сдвиг по фазе на целых 2 нт). Достаточным условием для 14 последовательных совпадений является то, что количество несовпадений должно быть ≤⌊ L / 14⌋ − 1.До этого уровня несоответствий GSNAP является исчерпывающим алгоритмом, что означает, что он может гарантировать идентификацию и сообщение всех доступных выравниваний в геноме с таким количеством несоответствий.

    Кандидаты генерируются путем выполнения многостороннего слияния списков позиций для всех считываемых местоположений за один прямой и один обратный дополнительный проход, отслеживая местоположение считывания 12меров, которые поддерживают каждую область-кандидат. Схема поддержки 12меров обеспечивает нижнюю границу несоответствий при считывании.Если опорные 12меры прочитали местоположения, разделенные Δ p , то минимальное количество несовпадений между ними составляет ⌊ (Δ p +6) / 12⌋ (рис. 4A). Для всего чтения мы можем суммировать эти нижние границы в вычислении нижней границы на основе шаблонов (рис. 4B). В частности, если чтение длиной L имеет схему поддержки 12меров в местах чтения p i , i = 1,…, n , нижняя граница несовпадений составляет i. = 0 n ⌊ ( p i +1 p i +6) / 12⌋, где p 0 = −3 и p n +1 = L −9.

    Рис. 4.

    Метод полного набора для генерации и фильтрации кандидатов на несовпадение. ( A ) Образцы поддерживающих (серый) и не поддерживающих (белый) 12-мер, вызванных одним несоответствием, двумя близкими несовпадениями и двумя удаленными несовпадениями (крестики). Эти шаблоны указывают нижнюю границу несовпадений (Δ p +6) / 12⌋, где Δ p — это расстояние между начальными положениями следующих друг за другом поддерживающих 12 участников. ( B ) Расчет нижней границы на основе шаблона для чтения 51 нт, показанный вверху с фактическими несовпадениями.Поддерживающие 12меры (серые) начинаются в точках считывания 5, 8, 11 и 29, с конечными точками в −3 и L −9 = 42. Формула нижней границы суммируется для последовательных поддерживающих 12 участников, чтобы получить общую нижнюю границу четырех несовпадений.

    Рис. 4.

    Метод полного набора для генерации и фильтрации кандидатов на несовпадение. ( A ) Образцы поддерживающих (серый) и не поддерживающих (белый) 12-мер, вызванных одним несоответствием, двумя близкими несовпадениями и двумя удаленными несовпадениями (крестики).Эти шаблоны указывают нижнюю границу несовпадений (Δ p +6) / 12⌋, где Δ p — это расстояние между начальными положениями следующих друг за другом поддерживающих 12 участников. ( B ) Расчет нижней границы на основе шаблона для чтения 51 нт, показанный вверху с фактическими несовпадениями. Поддерживающие 12меры (серые) начинаются в точках считывания 5, 8, 11 и 29, с конечными точками в −3 и L −9 = 42. Формула нижней границы суммируется для последовательных поддерживающих 12 участников, чтобы получить общую нижнюю границу четырех несовпадений.

    Чтобы сделать метод полного набора более эффективным, отметим, что процесс слияния должен обрабатывать каждую позицию из каждого списка позиций и, следовательно, может быть замедлен неспецифическими 12 участниками с очень длинными списками позиций, которые не помогают локализовать чтение. Мы можем повысить эффективность, игнорируя эти неспецифические 12меры, определенные в настоящее время как те, у которых списки позиций более чем в 10 раз превышают среднюю длину списка позиций. Формула нижней границы должна быть изменена соответствующим образом, чтобы компенсировать недостающие 12-меры, по существу, предполагая, что они поддерживают.Эта стратегия потенциально может не согласовать чтения или части чтения, если неспецифические или повторяющиеся нуклеотидные паттерны необходимы для отображения чтения. Для успешного выравнивания этих считываний программа предоставляет вариант жадной стратегии, при которой неспецифические или повторяющиеся 12меры сначала игнорируются, а затем включаются, если выравнивание не обнаружено.

    2.4 Проверка регионов-кандидатов

    Области-кандидаты, которые генерируются и выживают в процессе фильтрации, имеют установленную нижнюю границу количества несовпадений.Чтобы определить фактическое количество несовпадений и убедиться, что оно не превышает ограничение оценки K , мы проверяем эти области, выравнивая чтение с областью. Чтобы уменьшить требования к памяти, мы храним геном в сжатом формате, который создается в дополнение к хеш-таблице во время процесса предварительной индексации (рис. 2C), и выполняется проверка по этой сжатой версии генома. Для индексации эталонной последовательности сжатый геном содержит основные аллели.Для индексации ссылочного пространства GSNAP также обращается ко второму сжатому геному, который содержит минорные аллели. Формат сжатого генома, как описано в нашей статье о GMAP, хранит каждый нуклеотид в 3 битах. Каждый 32-битный блок генома представлен тремя 32-битными словами. Первые два слова представляют нуклеотид с использованием 2 бита каждое, в то время как оставшееся слово имеет 32 бита, используемых в качестве флагов. Для генома мажорного аллеля флажки указывают, есть ли в геномной позиции неизвестный или неоднозначный нуклеотид, который не может быть представлен как A, C, G или T.Для генома минорного аллеля флажки указывают, есть ли в геномной позиции SNP.

    Проверка выполняется на битовом уровне. Вместо того, чтобы распаковывать геном, программа сжимает чтение и сдвигает его в соответствии с координатами генома для области-кандидата. Затем сжатое считывание и геном объединяются поразрядно с использованием функции «исключающее ИЛИ», а соседние пары битов сокращаются, чтобы получить битовые векторы, содержащие положения несовпадений. Для выравнивания по эталонному пространству считывание аналогичным образом побитово комбинируется с геномом минорного аллеля, и два результата несовпадения объединяются с использованием функции логического и.Следовательно, несоответствие в SNP возникает только в том случае, если аллель чтения отличается как от основного, так и от минорного аллелей. Результаты несоответствия могут быть дополнительно проанализированы, чтобы подсчитать общее количество несоответствий или сообщить об их местонахождении слева или справа от считывания. GSNAP будет использовать встроенные побитовые функции popcount, clz (подсчет начальных нулей) и ctz (подсчет конечных нулей) для этих задач, если они доступны на данной машине, или будет использовать свои собственные эквивалентные побитовые функции, если они не доступны. Однако наше тестирование показывает, что встроенные функции обеспечивают увеличение скорости только на 1-2%, отчасти потому, что этапы генерации и фильтрации сильно ограничивают количество регионов, которые необходимо проверять.

    2.5 Обнаружение вставок и удалений

    Наша программа может обнаруживать выравнивания, содержащие одну вставку или удаление, с несоответствиями до максимального значения, указанного пользователем. За выравнивание с отступом может взиматься штраф по сравнению с выравниванием без зазоров с использованием определяемого пользователем штрафа G . Поэтому, поскольку программа налагает все более строгие уровни ограничений K разрешенных несоответствий, она также ищет выравнивания с отступом, налагая уровень ограничения ( K G ) разрешенных несоответствий с отступом.

    Indels обнаруживаются с помощью двух алгоритмов, один, который обнаруживает отступы в середине короткого чтения (между первым и последним 14-мерным), и второй, который обнаруживает отступы на концах (в пределах первого или последнего 14-го числа). Концевые вставки должны иметь дистальный короткий фрагмент, свободный от несоответствий и достаточно длинный (как указано пользователем), чтобы надежно определить его выравнивание. Для обоих методов этап слияния метода полного набора, но не вычисление фильтрации, выполняется для создания всех областей-кандидатов, имеющих 14 или более последовательных совпадений с считанным.

    Метод обнаружения промежуточных вставок ищет пару областей-кандидатов, которые совместно локализуются в пределах максимально разрешенных размеров удаления и вставки (рис. 5A). Расчет нижней границы на основе позиции может применяться к обоим концам пары кандидатов, чтобы отфильтровать пары со слишком большим количеством несовпадений. Проверка оставшихся пар кандидатов на уровне нуклеотидов определяет расположение несовпадений в каждом члене пары, которое затем может быть проанализировано, чтобы определить, существует ли область возможных кроссоверов в пределах уровня ограничения K разрешенных несовпадений (рис.5Б). Средний алгоритм indel эффективен даже для длинных индексов, поскольку геномное расстояние между двумя концами определяет размер разрыва и позволяет эффективно проверять несовпадения, не прибегая к алгоритму динамического программирования.

    Рис. 5.

    Эффективное обнаружение вставок и пар стыков. ( A ) Метод полного набора генерирует области-кандидаты с поддерживающими 12-ю мерами (серый цвет). ( B ) Пары кандидатов в пределах допустимого расстояния проверяются на средние вставки и пары соединений на коротком расстоянии.Ограничение на количество несовпадений (показано для значения 1) определяет диапазон точек пересечения. ( C ) Концевые вставки испытывают в дистальных 14 узлах, когда длинная область считывания имеет достаточно низкое количество несовпадений. ( D ) Сплайсинг на большом расстоянии обнаруживается путем идентификации известных или новых сайтов сплайсинга в отдельных областях-кандидатах в областях, определенных ограничениями на количество несовпадений. Затем области-кандидаты с донорными и акцепторными сайтами сплайсинга спариваются, чтобы выявить сплайсинговые соединения.

    Рис. 5.

    Эффективное обнаружение вставок и пар стыков. ( A ) Метод полного набора генерирует области-кандидаты с поддерживающими 12-ю мерами (серый цвет). ( B ) Пары кандидатов в пределах допустимого расстояния проверяются на средние вставки и пары соединений на коротком расстоянии. Ограничение на количество несовпадений (показано для значения 1) определяет диапазон точек пересечения. ( C ) Концевые вставки испытывают в дистальных 14 узлах, когда длинная область считывания имеет достаточно низкое количество несовпадений.( D ) Сплайсинг на большом расстоянии обнаруживается путем идентификации известных или новых сайтов сплайсинга в отдельных областях-кандидатах в областях, определенных ограничениями на количество несовпадений. Затем области-кандидаты с донорными и акцепторными сайтами сплайсинга спариваются, чтобы выявить сплайсинговые соединения.

    Обнаружение концевых отступов также зависит от областей-кандидатов, созданных методом полного набора, но фильтрует отдельные области-кандидаты, а не пары. Кандидаты фильтруются с использованием варианта вычисления нижней границы на основе позиции, при котором игнорируется первый или последний 14-мерный элемент чтения, который не поддерживается с помощью конечного отступа.Кандидаты, прошедшие этот этап фильтрации, проверяются по геному для подсчета количества несовпадений в длинной части считывания. Если количество несовпадений достаточно мало, концевую область проверяют в диапазоне возможных размеров концевых вставок и удалений для отступа. Для каждого размера зазора программа возвращается от конца до тех пор, пока не будет достигнуто первое несовпадение, а затем по главной диагонали, чтобы подсчитать общее количество несовпадений ближе к концу (рис. 5C). Концевой отступ обнаруживается, если дистальный сегмент достаточно длинный и если сумма несоответствий в длинной и дистальной областях достаточно мала.

    2.6 Обнаружение стыков

    GSNAP может выравнивать транскрипционные чтения, которые пересекают соединения экзон-экзон с участием известных или новых сайтов сплайсинга. Для известных сайтов сплайсинга программа зависит от предоставленного пользователем набора сайтов сплайсинга, которые относятся к одной из четырех категорий: доноры и акцепторы на плюсовой геномной цепи и доноры и акцепторы на минусовой геномной цепи. Идентификации новых сайтов сплайсинга помогает вероятностная модель, в настоящее время реализованная как модель максимальной энтропии (Yeo and Burge, 2004), которая использует частоты нуклеотидов, соседствующих с сайтом сплайсинга, чтобы различать истинные и ложные сайты сплайсинга.

    Мы используем два метода обнаружения стыков: один для короткого, а второй — для дальнего. Сплайсинг на коротких расстояниях включает два сайта сплайсинга, которые находятся на одной хромосомной цепи, причем акцепторный сайт находится ниже донорного сайта, в пределах заданного пользователем параметра (по умолчанию 200 000 нуклеотидов). Соединения на коротких расстояниях можно обнаружить с помощью метода, аналогичного методу для средних делеций, за исключением того, что допустимое расстояние между областями-кандидатами намного больше (рис.5Б). Как и в случае обнаружения среднего отступа, положения несовпадений в двух областях определяют, существует ли область кроссовера с допустимым количеством несовпадений ( K S ), где S — штраф за разрыв для соединения. В этой области кроссовера выполняется поиск донорных и акцепторных сайтов сплайсинга, которые либо известны, либо поддерживаются моделью сайта сплайсинга с достаточно высокой вероятностью. Требуемый показатель вероятности зависит от длины короткой последовательности считывания, доступной для выравнивания в области экзона.Когда выровненная последовательность экзона короткая, порядка 12–20 нуклеотидов, требуется относительно высокая оценка вероятности. Но когда выровненная последовательность экзона достаточно длинная, более 35 нуклеотидов, необходимы только ожидаемые динуклеотиды на конце интрона.

    Для сплайсинга на большие расстояния оценки вероятности также используются, чтобы помочь найти новые сайты сплайсинга, хотя требуемые оценки вероятности выше для данной длины выровненной последовательности, чтобы компенсировать большее пространство поиска по всему геному.Чтобы обнаружить случаи сращивания на большие расстояния, программа идентифицирует известные или новые концы сращивания в пределах отдельных областей-кандидатов, в области, ограниченной уровнем ограничения K разрешенных несовпадений (рис. 5D). Затем области-кандидаты с донорными и акцепторными сайтами сплайсинга объединяются в пары, если они имеют одинаковую точку останова при считывании и имеют приемлемое количество общих несовпадений.

    Считывания, которые лежат преимущественно на одном конце сплайс-соединения, могут иметь слишком маленькую последовательность на дальнем конце, чтобы идентифицировать другой экзон.О таких выравниваниях наша программа может по-прежнему сообщать как о частичном сплайсинге или выравнивании «полуинтрона», если на одном конце имеется достаточная последовательность для определения сайта сплайсинга, но недостаточная последовательность на другом конце для другого сайта.

    2.7 Выравнивание показаний на парном конце

    GSNAP может выравнивать считывания парных концов, которые производятся, когда оба конца нуклеотидного фрагмента секвенированы. Считывания с парных концов также могут быть сгенерированы путем циркуляризации длинного фрагмента из 10 000 или более оснований с помощью короткого линкера, а затем вырезания за пределами линкера для считывания на обоих концах длинного фрагмента.Наш алгоритм пытается найти оптимальную пару согласованных вариантов картирования, что означает, что они находятся в заданном пользователем диапазоне ожидаемых геномных расстояний и что направления их цепей согласованы. Следовательно, GSNAP будет отдавать предпочтение согласованным решениям, включающим неоптимальное выравнивание на одном или обоих концах, даже если для каждого конца можно найти лучшие выравнивания.

    Чтобы рассматривать пары выравниваний вместе, программа последовательно устанавливает более строгие уровни ограничений и пытается выровнять каждый конец на заданном уровне ограничений.Для парного выравнивания оба конца чтения вносят вклад в общую оценку, поэтому при заданном уровне ограничения K программа должна накапливать выравнивания для каждого конца до этого уровня. На каждом уровне ограничений программа пытается объединить исчерпывающий набор сопоставлений, найденных на данный момент на каждом конце, чтобы увидеть, является ли какая-либо пара согласованной. Если это так, то наилучшее совпадение или совпадение — это те, у которых самый низкий общий балл несоответствий и штрафов на двух концах. Если пользователь желает неоптимального выравнивания, программа переходит к поиску дополнительных выравниваний, превышающих оптимальный уровень оценки.Если алгоритм достигает максимального заданного пользователем предела баллов, не находя ни одной согласованной пары, он сообщает о лучших индивидуальных сопоставлениях для каждого конца.

    2,8 BS-преобразованная ДНК

    Вспомогательная программа обрабатывает существующую контрольную последовательность или хеш-таблицу контрольного пространства для создания двух новых хэш-таблиц, каждая из которых представляет собой положительную цепь генома, одна из которых содержит замены C – T, а другая — замены G – A. Вторая хэш-таблица содержит считывания из минусовой цепи, чьи замены C – T появляются как замены G – A на плюсовой цепи.Вспомогательная программа объединяет и сортирует позиции для каждого замененного 12-го члена в единый список позиций.

    Когда GSNAP обрабатывает чтение BS, он выполняет подстановку C – T каждого 12-го числа в считывании для проверки по хэш-таблице C – T, и замену G – A каждого 12-члена в обратном дополнении чтения для проверки. против хеш-таблицы G – A. Шаги генерации и фильтрации работают как и раньше. На этапе проверки сравнивается замещенное считывание с замещенной областью генома для выявления несовпадений.Специальная проверка выполняется в исходном считывании относительно исходной области генома на предмет несоответствий между геномным-Т и считыванием-С, которые скрыты заменой C – T.

    3 РЕЗУЛЬТАТ

    3.1 Имитация чтения

    Мы сравнили GSNAP с несколькими программами согласования, которые были протестированы в предыдущих исследованиях: MAQ версии 0.7.1, SOAP версии 1.11, Bowtie версии 0.9.9.1, BWA версии 0.4.9 и SOAP2 версии 2.19. Мы сгенерировали чтения 36, 70 и 100 нт, которые были отобраны единообразно из генома человека (NCBI, выпуск 36), и сгенерировали наборы данных с различными типами вариантов путем случайного введения несоответствий или нестыковок.Короткие индели размером 1–3 н. Должны располагаться на расстоянии не менее 6 нт от концов, а длинные индели — не менее 14 н. Программы запускались на машине Linux с 8 двухъядерными процессорами AMD 8220 Opteron с тактовой частотой 2,8 ГГц и 64 ГБ оперативной памяти. Все программы имеют многопоточный режим, но в наших тестах они запускались в однопоточном режиме. Чтобы изучить каждый вариант в отдельности и предотвратить поиск неоптимальных совпадений программами, мы снабдили каждую программу параметрами, адекватными для идентификации данного варианта.

    Результаты согласования (таблица 1) показывают, что программы обычно могут правильно выравнивать чтение с учетом до трех несовпадений, с SOAP2, ограниченным двумя несоответствиями, и с промахами, наблюдаемыми при чтении 36 узлов GSNAP и SOAP и при чтении 70 узлов протоколом SOAP.Пропуски двух и трех несовпадений в 36-узловых считываниях GSNAP были случаями, когда количество несовпадений превышало гарантийное условие л / 14⌋ −1 для полноты, в основном потому, что несоответствия были расположены достаточно равномерно, чтобы предотвратить последовательное растяжение 14 nt для совпадения считываемого и геномного. Точные совпадения были выявлены быстрее всего с помощью Bowtie и согласований с одним несоответствием по протоколу SOAP2. Совмещения двух и трех несовпадений при считывании 70 и 100 нт были идентифицированы с сопоставимой скоростью с помощью BWA и GSNAP, и GSNAP был самым быстрым в определении четырех или пяти несовпадений.Для коротких индексов GSNAP показал отличную чувствительность, в то время как BWA и SOAP показали процент промахов до 5%. SOAP2 не смог обнаружить отступы в одностороннем чтении в нашем наборе данных, хотя он может обнаруживать короткие отступы в парных чтениях. Во всех наборах данных, кроме одного, GSNAP быстрее всех распознавал короткие отступы. Для длинных вставок GSNAP была единственной программой, способной обнаруживать выравнивания, за исключением того, что длинные вставки при чтении 36 нт также могли обнаруживаться с помощью SOAP с гораздо меньшей скоростью. Обнаружение длинных вставок GSNAP происходило со скоростью, сравнимой со скоростями для коротких вставок, и показало процент промахов, равный 0.1%, все из-за повторяющихся областей на одном конце отступа, которые программа предназначена игнорировать.

    Таблица 1.

    Результаты алгоритмов выравнивания чтения при моделировании чтения

    0 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 0 19 523 , 3 64305 4,7

    8 930 930 (0,1) —

    153048 930 969 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 353068 69 930 9
    . (Процент промахов) Время
    .
    Вариант . ГСНАП . BWA . Галстук-бабочка . SOAP2 . мыло . MAQ .
    36 нт. Показаний
    Точно 51 17
    55 60 33 11 1157 2106
    2 мм (1.0) 304 64 46 39 (2,9) 1470 6008
    3 мм (11,9) 405 551 544
    Ins, 1–3 640 (4,9) 767 (5,1) 5534
    Del, 1–3 653 ( 3.3) 1016 (3.7) 4308
    Ins, 4–9 (0,1) 507 31420
    Del, 930–30 930) 887
    70 значений чтения 13 1205 2180
    1 мм 23 25 15 12 (0.1) 1564 2120
    2 мм 45 33 48 67 (0,9) 2363 6175
    3 мм 930 — (3,3) 2272 20 316
    4 мм 325 373 (7,8) 2098 (2,4) 20 002
    245 (2.0) 323 (4,3) 15 516
    Del, 1–3 263 (1,3) 425
    Ins, 4–9 (0,1) 288
    Del, 4–30
    Считывание 100 н.
    2211
    1 мм 21 30 16 13 2168
    2 мм 33 56 73 6330
    3 мм 50 52 620 20697 430 930 930 137 3069 930 930 930 137 930 930 (0.5) 20 503
    5 мм 155 543 (2,1) 20 283
    Ins, 1–3 269 3069 26
    Del, 1–3 273 (0.8) 360
    048
    (0,1) 335
    Del, 4–30 (0.1) 312
    930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 640–330 930 Ins, 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 , 3 64305 4,7

    8 930 930 (0,1) —

    153048 930 969 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 353068 69 930 9
    . (Процент промахов) Время
    .
    Вариант . ГСНАП . BWA . Галстук-бабочка . SOAP2 . мыло . MAQ .
    36 нт. Показаний
    Точно 51 17
    55 60 33 11 1157 2106
    2 мм (1,0) 304 64 46 39 (29) 1470 6008
    3 мм (11,9) 405 551 544 (15,6) 1369 19523
    (4,9) 767 (5,1) 5534
    Del, 1–3 653 (3,3) 1016 8
    Ins, 4–9 (0.1) 507 31420
    Del, 4–30 (0,1) 887
    70 nt читает
    Exact 15 23 9 13 25 15 12 (0.1) 1564 2120
    2 мм 45 33 48 67 (0,9) 2363 6175
    3 мм 930 — (3,3) 2272 20 316
    4 мм 325 373 (7,8) 2098 (2,4) 20 002
    245 (2.0) 323 (4,3) 15 516
    Del, 1–3 263 (1,3) 425
    Ins, 4–9 (0,1) 288
    Del, 4–30
    Считывание 100 н.
    2211
    1 мм 21 30 16 13 2168
    2 мм 33 56 73 6330
    3 мм 50 52 620 20697 430 930 930 137 3069 930 930 930 137 930 930 (0.5) 20 503
    5 мм 155 543 (2,1) 20 283
    Ins, 1–3 269 3069 26
    Del, 1–3 273 (0.8) 360
    048
    (0,1) 335
    Del, 4–30 (0.1) 312
    Таблица 1.

    Результаты алгоритмов выравнивания чтения для имитированных чтений

    0 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 0 19 523 , 3 64305 4,7

    8 930 930 (0,1) —

    153048 930 969 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 353068 69 930 9
    . (Процент промахов) Время
    .
    Вариант . ГСНАП . BWA . Галстук-бабочка . SOAP2 . мыло . MAQ .
    36 нт. Показаний
    Точно 51 17
    55 60 33 11 1157 2106
    2 мм (1.0) 304 64 46 39 (2,9) 1470 6008
    3 мм (11,9) 405 551 544
    Ins, 1–3 640 (4,9) 767 (5,1) 5534
    Del, 1–3 653 ( 3.3) 1016 (3.7) 4308
    Ins, 4–9 (0,1) 507 31420
    Del, 930–30 930) 887
    70 значений чтения 13 1205 2180
    1 мм 23 25 15 12 (0.1) 1564 2120
    2 мм 45 33 48 67 (0,9) 2363 6175
    3 мм 930 — (3,3) 2272 20 316
    4 мм 325 373 (7,8) 2098 (2,4) 20 002
    245 (2.0) 323 (4,3) 15 516
    Del, 1–3 263 (1,3) 425
    Ins, 4–9 (0,1) 288
    Del, 4–30
    Считывание 100 н.
    2211
    1 мм 21 30 16 13 2168
    2 мм 33 56 73 6330
    3 мм 50 52 620 20697 430 930 930 137 3069 930 930 930 137 930 930 (0.5) 20 503
    5 мм 155 543 (2,1) 20 283
    Ins, 1–3 269 3069 26
    Del, 1–3 273 (0.8) 360
    048
    (0,1) 335
    Del, 4–30 (0.1) 312
    930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 640–330 930 Ins, 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 , 3 64305 4,7

    8 930 930 (0,1) —

    153048 930 969 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 353068 69 930 9
    . (Процент промахов) Время
    .
    Вариант . ГСНАП . BWA . Галстук-бабочка . SOAP2 . мыло . MAQ .
    36 нт. Показаний
    Точно 51 17
    55 60 33 11 1157 2106
    2 мм (1,0) 304 64 46 39 (29) 1470 6008
    3 мм (11,9) 405 551 544 (15,6) 1369 19523
    (4,9) 767 (5,1) 5534
    Del, 1–3 653 (3,3) 1016 8
    Ins, 4–9 (0.1) 507 31420
    Del, 4–30 (0,1) 887
    70 nt читает
    Exact 15 23 9 13 25 15 12 (0.1) 1564 2120
    2 мм 45 33 48 67 (0,9) 2363 6175
    3 мм 930 — (3,3) 2272 20 316
    4 мм 325 373 (7,8) 2098 (2,4) 20 002
    245 (2.0) 323 (4,3) 15 516
    Del, 1–3 263 (1,3) 425
    Ins, 4–9 (0,1) 288
    Del, 4–30
    Считывание 100 н.
    2211
    1 мм 21 30 16 13 2168
    2 мм 33 56 73 6330
    3 мм 50 52 620 20697 430 930 930 137 3069 930 930 930 137 930 930 (0.5) 20 503
    5 мм 155 543 (2,1) 20 283
    Ins, 1–3 269 3069 26
    Del, 1–3 273 (0.8) 360
    048
    (0,1) 335
    Del, 4–30 (0.1) 312

    Мы измерили объем оперативной памяти, используемой программами, с помощью инструмента Valgrind Massif (Nethercote and Steward, 2007). GSNAP использовал максимум 86 МБ для наборов данных с точным соответствием, 101 МБ для наборов данных несоответствия и 170 МБ для наборов данных indel, при этом использование памяти варьировалось от чтения к чтению. Однако эти значения не измеряют память, используемую GSNAP для своего файла позиций хеш-таблицы размером 3.8 ГБ и сжатый геном размером 1,15 ГБ, доступ к которым осуществляется с помощью сопоставления памяти, если она доступна на главном компьютере. При отображении памяти наша программа будет работать быстрее всего, когда доступно достаточно физической памяти для хранения соответствующих частей индексных файлов. Следовательно, для оптимальной работы с геномом размером с человека GSNAP должен иметь доступ к 5 ГБ физической памяти, хотя программа все еще может работать, хотя и медленнее, если доступно меньше памяти. Одним из преимуществ сопоставления памяти является то, что несколько экземпляров GSNAP могут работать на одном компьютере одновременно и совместно использовать системную память, сопоставленную с индексными файлами, без необходимости выделять эту память каждому процессу отдельно.Для сравнения, BWA использовал 2,2 ГБ для всех наборов данных; Bowtie использовал 1,1 ГБ для наборов данных с точным соответствием и 2,2 ГБ для наборов данных о несовпадении; MAQ использовало 302 МБ для всех наборов данных; и SOAP использовал 14 ГБ для всех наборов данных. Использование памяти SOAP2 не может быть определено, потому что исходный код недоступен, а двоичная программа была скомпилирована без флага, необходимого для профилирования памяти.

    Мы также оценили способность GSNAP обнаруживать внутригенные и межгенные экзон-экзонные соединения в моделируемых считываниях с использованием либо известных сайтов сплайсинга из RefSeq, либо только обнаружения новых сайтов сплайсинга (эти тесты были выполнены на более ранней версии GSNAP, в которой использовалась абсолютная вероятность пороговые значения вместо скользящей шкалы, используемой в текущей версии).Моделируемые считывания были основаны на сайтах сплайсинга RefSeq, и GSNAP достиг идеальной чувствительности, когда имел доступ к этой информации, но пропустил 0,1% внутригенных событий и 5% межгенных событий, когда он полагался исключительно на вероятностные модели сайтов сплайсинга. Пропущенные события сварки произошли из-за известных участков сварки с оценками модели ниже порога вероятности по умолчанию 0,90. Различия в чувствительности между внутригенным и межгенным обнаружением сплайсинга были вызваны разными критериями в GSNAP для сплайсинга на короткие расстояния, в котором использовался более низкий порог вероятности (по умолчанию 0.50) для второй площадки стыковки. Время выполнения наборов данных из 100 000 чтений составляло 48, 114 и 183 с для внутригенных чтений 36, 70 и 100 нт, а также 122, 211 и 287 с для межгенных чтений. Это время выполнения меньше, чем при тестировании несовпадений и несоответствий, потому что сплайсированные чтения были сгенерированы из кодирующей части генома, которая менее повторяется.

    3.2 Транскрипционные чтения

    Мы измерили влияние обнаружения сложных вариантов и толерантности к SNP с помощью GSNAP на фактические данные, взятые из универсальной эталонной РНК человека (UHR, номер в каталоге Stratagene 740 000), использованной в проекте MAQC (MicroArray Quality Control) (Canales et al., 2006) и проанализированы компанией Illumina на их анализаторе генома Solexa. Из этого набора данных мы отобрали 100 000 считываний равномерно среди набора данных в 50 нт. В отличие от симулированных чтений, фактические чтения не имеют информации об их исходном геномном местоположении, поэтому мы определили производительность программ, используя результат выравнивания, который представляет собой процент чтения, которые могут быть выровнены каждой программой с различными настройками несоответствия, сплайсинга или отступов. Мы протестировали GSNAP против NCBI человеческого генома версии 36, а также против эталонного пространства, которое охватывало 12 миллионов SNP из dbSNP версии 129.

    Выходы выравнивания составили 70% для двух несовпадений и 74% для трех несовпадений (таблица 2). Результат согласования увеличился, когда программам было разрешено идентифицировать более сложные варианты. Добавление сплайсинга с участием известных сайтов сплайсинга к GSNAP увеличивало выход выравнивания на 8-9%, а дальнейшее добавление новых сайтов сплайсинга увеличивало выход выравнивания еще на 0,3-0,6%. Использование инделей увеличило выход выравнивания еще на 1%.

    Таблица 2.

    Влияние сплайсинга, вставок и толерантности к SNP на набор данных транскрипции

    9307 930 930 730 930 930 930 0,29 522 930 мес.9 930 930 930 930 968 930 82,26 5,1
    . Выход выравнивания (%)
    .
    Влияние SNP на выравнивание (%)
    .
    Время (с)
    .
    Разрешены варианты . Без SNP . СНП . Новое . То же . Суперсет . Подмножество . Разница . Итого . Без SNP . СНП .
    ≤2 несовпадений 69,7 70,2 0,5 1,7 4,9 0,4 0,1 7,5 52 79,1 0,5 1,8 4,8 0.3 0,2 7,6 381 457
    Выше плюс новая сварка 79,0 79,5 0,5 1,9 4,8
    Выше плюс индексы 80,2 80,7 0,5 1,8 4,9 0,2 0,5 8,0 725
    74,3 0,4 2,0 5,2 0,4 0,1 8,1 161 214
    Above плюс известная стыковка 0,3 0,2 8,0 530 668
    Выше плюс новая сварка 82,8 83,1 0.4 2,2 5,1 0,3 0,3 8,3 624 755
    Выше плюс индельсы 83,8 84,2 0,6 930 0,6930 0,669 8,5 949 1262
    0 930 930 930 80,768 930 930 930 930 930 968 930 930 930 930 6 930 930 930 930 930 930 6 930 930 930 930 6 930 8,0
    . Выход выравнивания (%)
    .
    Влияние SNP на выравнивание (%)
    .
    Время (с)
    .
    Разрешены варианты . Без SNP . СНП . Новое . То же . Суперсет . Подмножество . Разница . Итого . Без SNP . СНП .
    ≤2 несовпадения 69,7 70,2 0,5 1,7 4,9 0,4 0,1 7,5 52 79,1 0,5 1,8 4,8 0,3 0,2 7,6 381 457
    Выше плюс новое соединение 79.0 79,5 0,5 1,9 4,8 0,2 0,3 7,7 457 522
    Выше плюс 0,2 0,5 8,0 725 905
    ≤3 несовпадений 73,9 74,3 0,4 2.0 5,2 0,4 0,1 8,1 161 214
    Выше плюс известное сращивание 82,2 0,26 0,4 530 668
    Выше плюс новая сварка 82,8 83,1 0,4 2,2 5,1 0.3 0,3 8,3 624 755
    Сверху плюс индексы 83,8 84,2 0,4 2,1 5,1
    Таблица 2.

    Влияние сплайсинга, отступов и толерантности SNP на набор данных транскрипции

    0 930 930 930 80,768 930 930 930 930 930 968 930 930 930 930 6 930 930 930 930 930 930 6 930 930 930 930 6 930 8,0
    . Выход выравнивания (%)
    .
    Влияние SNP на выравнивание (%)
    .
    Время (с)
    .
    Разрешены варианты . Без SNP . СНП . Новое . То же . Суперсет . Подмножество . Разница . Итого . Без SNP . СНП .
    ≤2 несовпадения 69,7 70,2 0,5 1,7 4,9 0,4 0,1 7,5 52 79,1 0,5 1,8 4,8 0,3 0,2 7,6 381 457
    Выше плюс новое соединение 79.0 79,5 0,5 1,9 4,8 0,2 0,3 7,7 457 522
    Выше плюс 0,2 0,5 8,0 725 905
    ≤3 несовпадений 73,9 74,3 0,4 2.0 5,2 0,4 0,1 8,1 161 214
    Выше плюс известное сращивание 82,2 0,26 0,4 530 668
    Выше плюс новая сварка 82,8 83,1 0,4 2,2 5,1 0.3 0,3 8,3 624 755
    Сверху плюс индексы 83,8 84,2 0,4 2,1 5,1
    0 930 930 930 80,768 930 930 930 930 930 968 930 930 930 930 6 930 930 930 930 930 930 6 930 930 930 930 6 930 8,0
    . Выход выравнивания (%)
    .
    Влияние SNP на выравнивание (%)
    .
    Время (с)
    .
    Разрешены варианты . Без SNP . СНП . Новое . То же . Суперсет . Подмножество . Разница . Итого . Без SNP . СНП .
    ≤2 несовпадения 69,7 70,2 0,5 1,7 4,9 0,4 0,1 7,5 52 79,1 0,5 1,8 4,8 0,3 0,2 7,6 381 457
    Выше плюс новое соединение 79.0 79,5 0,5 1,9 4,8 0,2 0,3 7,7 457 522
    Выше плюс 0,2 0,5 8,0 725 905
    ≤3 несовпадений 73,9 74,3 0,4 2.0 5,2 0,4 0,1 8,1 161 214
    Выше плюс известное сращивание 82,2 0,26 0,4 530 668
    Выше плюс новая сварка 82,8 83,1 0,4 2,2 5,1 0.3 0,3 8,3 624 755
    Сверху плюс индексы 83,8 84,2 0,4 2,1 5,1

    Введение толерантности SNP привело лишь к незначительному увеличению результатов выравнивания. Однако на 7–8% результатов выравнивания так или иначе повлиял SNP. Толерантность SNP дала выравнивание, которое ранее не обнаруживалось только в 0.4–0,5% случаев. В 5% случаев известные SNP выявляют дополнительные геномные местоположения для данного считывания помимо исходных местоположений, что приводит к расширенному набору исходных результатов. В 0,2–0,4% случаев толерантность к SNP дала подмножество геномных местоположений, что означает, что некоторые из несоответствий в исходных выравниваниях могут быть устранены в пользу известных SNP. В 1–2% случаев все несовпадения в исходных выравниваниях были в известных местах расположения SNP, оставляя геномные местоположения одинаковыми, но позволяя интерпретировать нуклеотидные различия как совпадения с минорными аллелями, а не как несовпадения.В небольшой части случаев толерантность к SNP давала значительно иной набор результатов по сравнению с исходным.

    3.3 Чтения с преобразованием в BS

    Мы использовали смоделированные наборы данных из Раздела 3.1 с несовпадениями 0, 1 и 2 нуклеотидов и заменили цитозин тимином с вероятностью 95%, игнорируя контексты последовательностей, такие как неостровковые динуклеотиды CG у эукариот (Goll and Bestor, 2005 ) или в паттернах CG, CHG и CHH у растений (Cao and Jacobsen, 2002), где метилцитозины встречаются чаще.Мы выровняли исходные чтения со стандартной версией GSNAP, а замещенные чтения с включенным флагом метилирования. Результаты показывают, что замена тимина оказала незначительное влияние на способность GSNAP идентифицировать исходную геномную позицию из-за повышенной неоднозначности при выравнивании некоторых считываний (таблица 3). Доля дополнительных считываний, дающих неуникальные положения в геноме, составляла 5,5% от считываний 36 нуклеотидов, 2,6% считываний 70 нуклеотидов и 1,3% считываний 100 нуклеотидов в наборах данных с точным совпадением и несколько более высокие доли в наборах данных с одним или два несовпадения.

    Таблица 3.

    Эффект моделируемой обработки ДО

    930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930
    . . Уникальность совмещения (%)
    .
    Длина (нт) . Вариант . Геномный . БС . Разница .
    36 Точно 87.1 81,6 5,5
    1 несоответствие 86,7 80,6 6,0
    2 несовпадения 8530 930 6,568 95,0 92,4 2,6
    1 несоответствие 94,9 92,1 2,8
    2 несовпадения 94.7 91,7 3,0
    100 Exact 96,6 95,3 1,3
    1 несовпадение 96,6
    96,5 95,1 1,4
    6,03 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930
    . . Уникальность совмещения (%)
    .
    Длина (нт) . Вариант . Геномный . БС . Разница .
    36 Точное 87,1 81,6 5,5
    1 несоответствие 86,7 80,6
    78,7 6,5
    70 Exact 95,0 92,4 2,6
    1 несовпадение 94,9
    94,7 91,7 3,0
    100 Точно 96,6 95,3 1,3
    1 несовпадение 96.6 95,2 1,4
    2 несоответствия 96,5 95,1 1,4
    Таблица 3.

    Эффект моделируемой обработки BS

    41 930 . . Уникальность совмещения (%)
    . Длина (нт) . Вариант . Геномный . БС . Разница . 36 Exact 87,1 81,6 5,5 1 несовпадение 86,7 80,6 6,069 6,069 6,5 70 точно 95,0 92.4 2,6 1 несоответствие 94,9 92,1 2,8 2 несовпадения 94,7 9168 930 95,3 1,3 1 несоответствие 96,6 95,2 1,4 2 несовпадения 96.5 95,1 1,4 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930 930
    . . Уникальность совмещения (%)
    .
    Длина (нт) . Вариант . Геномный . БС . Разница .
    36 Точно 87.1 81,6 5,5
    1 несоответствие 86,7 80,6 6,0
    2 несовпадения 8530 930 6,568 95,0 92,4 2,6
    1 несоответствие 94,9 92,1 2,8
    2 несовпадения 94.7 91,7 3,0
    100 Точное 96,6 95,3 1,3
    1 несовпадение 96,6
    96,5 95,1 1,4

    4 ОБСУЖДЕНИЕ

    Методы, описанные в этой статье, расширяют диапазон вариантов, которые могут быть обнаружены при чтении, и, следовательно, должны повысить полезность данных секвенирования следующего поколения.Способность распознавать широкий спектр вариантов также должна повысить точность картирования за счет распознавания правильного геномного происхождения считываний вариантов. Точно так же функция толерантности к SNP, реализованная в нашей программе, должна помочь разрешить сопоставления в определенных областях генома. Полезность этой функции следует измерять не только по 7–8% затронутых считываний, но и по ее вкладу в правильные биологические выводы в последующем конвейере анализа. Другие исследователи (Manske and Kwiatkowski, 2009) также обнаружили случаи, когда SNP-толерантное выравнивание облегчает выравнивание прочтений с минорными аллелями.

    Мы разработали алгоритм, отвечающий конкретным потребностям анализа короткочитаемых последовательностей как по скорости, так и по чувствительности при обнаружении сложных вариантов и сплайсинга. Сильной стороной нашего алгоритма является стратегия поиска с последовательными ограничениями для генерации кандидатных областей генома путем объединения списков позиций из олигомеров по всему считыванию и их фильтрации с использованием вычислений нижней границы на основе подсчета или шаблона. Наша процедура поиска работает на уровне олигомеров, который отличается от процедур обратного отслеживания на уровне нуклеотидов, используемых в программах на основе BWT для выявления несовпадений и коротких отступов.

    Путем фильтрации набора областей-кандидатов наш процесс пересечения представляет собой значительное повышение эффективности по сравнению со стратегией «посев и расширение», используемой в BLAT и других программах сопоставления на основе семян, которые находят геномные регионы на основе одного q — mer, а затем протестируйте каждый из этих регионов на трудоемком этапе проверки. Некоторые программы, такие как ELAND, дополнительно ограничивают начальное значение до начала короткого чтения. Использование начальных значений может быть высокоэффективной эвристикой, и BWA может работать быстрее, используя режим заполнения, который допускает определенное количество несоответствий в начальной части короткого чтения.Наш метод можно рассматривать как попытку всех возможных начальных значений одновременно на протяжении всего краткого чтения, и поэтому он имеет особенность, заключающуюся в том, что одна часть чтения не предпочтительнее другой.

    Наша процедура пересечения также представляет собой эффективную альтернативу процедуре q -грамм, используемой в SHRiMP (Rumble et al. , 2009) и RazerS, которая сканирует весь геном с помощью скользящего окна и считает q — мер внутри бункеров, чтобы найти кандидатные области генома (Rasmussen et al., 2006). Процедура q -грамма допускает две или более меток за одно чтение, что в настоящее время не разрешено GSNAP, хотя наш алгоритм может быть изменен для их идентификации. Другое отличие состоит в том, что процедура q -грамма определяет различия выравнивания как расстояние редактирования, где каждый нуклеотид в промежутке считается разницей, поэтому более длинные отступы считаются более удаленными. В отличие от этого, GSNAP использует только штраф за пробелы в открытии при подсчете выравниваний отступов, поэтому он может легче идентифицировать длинные отступы.

    Наша программа также отличается от нескольких программ выравнивания, включая MAQ, RMAP, SHRiMP, Bowtie, BWA и SOAP2, которые могут использовать показатели качества для ранжирования выравниваний. Хотя оценки качества могут применяться на этапе проверки нашего алгоритма, для нас остается неясным, как лучше всего найти компромисс между оценками качества и результатами согласования, например, как выбрать между согласованием с одним несоответствием при оценке высокого качества или один с двумя несовпадениями при более низких оценках качества.Считывание цветового пространства, производимое технологией ABI SOLiD, требует некоторых расширений нашего алгоритма, и мы работаем над реализацией этой возможности в нашей программе.

    Хотя наши результаты и опыт показывают, что наша программа имеет практическую полезность для анализа данных секвенирования следующего поколения, наши исследования продолжаются. В частности, более длинные чтения повлекут за собой большую гибкость в выравнивании и могут потребовать улучшения более общих программ выравнивания кДНК-геном, таких как наша программа GMAP.Будущие биологические исследования должны выиграть от наличия разнообразия методов и программ биоинформатики для удовлетворения различных потребностей анализа последовательностей.

    БЛАГОДАРНОСТИ

    Мы благодарим наших коллег Колина Ватанабе за ценные обсуждения и Секара Сешагири за сотрудничество в проектах секвенирования следующего поколения. Мы ценим отзывы о ранних версиях нашей программы от Эндрю Фармера и Эрни Ретцеля из Национального центра геномных ресурсов. Мы также благодарим Ирину Хребтукову и Гэри Шрот из Illumina за доступ к данным транскрипционного чтения.

    Конфликт интересов : не объявлен.

    ССЫЛКИ

    , и другие.

    Всесторонняя идентификация и характеристика диаллельных инсерций-делеционных полиморфизмов в 330 генах-кандидатах человека

    ,

    Hum. Мол. Genet.

    ,

    2005

    , т.

    14

    (стр.

    59

    69

    ) и др.

    Оптимальные сплайсинговые выравнивания коротких последовательностей чтения

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2008

    , vol.

    24

    (стр.

    i174

    180

    ),.

    Алгоритм сжатия данных без потерь с блочной сортировкой

    ,

    Технический отчет 124.

    ,

    1994

    Калифорния

    Digital Equipment Corporation, Пало-Альто

    и др.

    Оценка результатов ДНК-микрочипов с помощью платформ для количественной экспрессии генов

    ,

    Nat. Biotechnol.

    ,

    2006

    , т.

    24

    (стр.

    1115

    1122

    ),.

    Локус-специфический контроль асимметричного метилирования и метилирования CpNpG генами метилтрансферазы DRM и CMT3

    ,

    Proc.Natl Acad. Sci.

    ,

    2002

    , т.

    99

    доп. 4

    (стр.

    16491

    16498

    ) и др.

    Целевое бисульфитное секвенирование выявляет изменения в метилировании ДНК, связанные с ядерным репрограммированием

    ,

    Nat. Biotechnol.

    ,

    2009

    , т.

    27

    (стр.

    353

    360

    ) и др.

    Консервативная негомеодоменная изоформа Hoxa9, взаимодействующая с CBP, коэкспрессируется с «типичным» белком Hoxa9 во время эмбриогенеза

    ,

    Gene Expression Patterns

    ,

    2004

    , vol.

    4

    (стр.

    215

    222

    ),.

    Эукариотические цитозинметилтрансферазы

    ,

    Annu. Rev. Biochem.

    ,

    2005

    , т.

    74

    (стр.

    481

    514

    ).

    Карта уровней последовательности хромосомных точек разрыва в клеточной линии рака молочной железы MCF-7 дает представление об эволюции генома рака.

    ,

    Genome Res.

    ,

    2009

    , т.

    19

    (стр.

    167

    177

    ),.

    Простой алгоритм слияния двух непересекающихся линейно упорядоченных множеств

    ,

    SIAM J. Comput.

    ,

    1980

    , т.

    1

    (стр.

    31

    39

    ),.

    SeqMap: отображение большого количества олигонуклеотидов в геноме

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2008

    , vol.

    24

    (стр.

    2395

    2396

    ).

    BLAT — инструмент для выравнивания, подобный BLAST

    ,

    Genome Research

    ,

    2002

    , vol.

    12

    (стр.

    656

    664

    ). ,

    Искусство программирования: сортировка и поиск

    ,

    1973

    , т.

    3

    Массачусетс

    Аддисон-Уэсли

    , et al.

    Сверхбыстрое и эффективное с точки зрения памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека

    ,

    Genome Biology

    ,

    2009

    , vol.

    10

    стр.

    R25

    ,.

    Быстрое и точное согласование коротких считываний с помощью преобразования Барроуза-Уиллера

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2009

    , vol.

    25

    (стр.

    1754

    1760

    ) и др.

    Картирование считываний коротких последовательностей ДНК и вызова вариантов с использованием показателей качества картирования

    ,

    Genome Res.

    ,

    2008

    , т.

    18

    (стр.

    1851

    1858

    ) и др.

    SOAP: короткая программа выравнивания олигонуклеотидов

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2008

    , vol.

    24

    (стр.

    713

    714

    ) и др.

    SOAP2: усовершенствованный сверхбыстрый инструмент для быстрого согласования чтения

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2009

    , vol.

    25

    (стр.

    1966

    1967

    ),.

    Нахождение пятого основания: полногеномное секвенирование метилирования цитозина

    ,

    Genome Research

    ,

    2009

    , vol.

    19

    (стр.

    959

    966

    ),.

    Массивы суффиксов: новый метод поиска строк в режиме онлайн

    ,

    SIAM J. Comput.

    ,

    1993

    , т.

    22

    (стр.

    935

    948

    ),.

    SNP-o-matic

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2009

    , т.

    25

    (стр.

    2434

    2435

    ),.

    Valgrind: основа для тяжелой динамической двоичной инструментарии

    ,

    Труды конференции ACM SIGPLAN 2007 по проектированию и реализации языков программирования

    ,

    2007

    Сан-Диего, Калифорния

    (стр.

    89

    100

    ) и др. al.

    SSAHA: быстрый метод поиска по большим базам данных ДНК

    ,

    Genome Res.

    ,

    2001

    , т.

    11

    (стр.

    1725

    1729

    ) и др.

    Эффективные фильтры q -грамм для поиска всех ε-совпадений на заданной длине

    ,

    J. Comput. Биол.

    ,

    2006

    , т.

    13

    (стр.

    296

    308

    ) и др.

    SHRiMP: точное отображение цветового пространства читает

    ,

    PLoS Comput. Биол.

    ,

    2009

    , т.

    5

    стр.

    e1000386

    и др.

    dbSNP: база данных генетических вариаций NCBI

    ,

    Nucleic Acids Res.

    ,

    2001

    , т.

    29

    (стр.

    308

    311

    ) и др.

    Использование показателей качества и более длинных операций чтения повышает точность отображения чтения Solexa

    ,

    BMC Bioinformatics

    ,

    2008

    , vol.

    9

    стр.

    128

    и др.

    TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2009

    , vol.

    25

    (стр.

    1105

    1111

    ) и др.

    Альтернативная регуляция изоформ в транскриптомах тканей человека

    ,

    Nature

    ,

    2008

    , vol.

    456

    (стр.

    470

    476

    ) и др.

    Диаллельный полиморфизм вставок / делеций человека

    ,

    Am. J. Hum. Genet.

    ,

    2002

    , т.

    71

    (стр.

    854

    862

    ) и др.

    RazerS — быстрое считывание карт с контролем чувствительности

    ,

    Genome Res.

    ,

    2009

    , т.

    19

    (стр.

    1646

    1654

    ),.

    GMAP: программа геномного картирования и выравнивания последовательностей мРНК и EST

    ,

    Bioinformatics

    ,

    2005

    , vol.

    21

    (стр.

    1859

    1875

    ),.

    Моделирование максимальной энтропии мотивов короткой последовательности с приложениями к сигналам сплайсинга РНК

    ,

    J. Comput. Биол.

    ,

    2004

    , т.

    11

    (стр.

    377

    394

    )

    Заметки автора

    © Автор (ы) 2010. Опубликовано Oxford University Press.

    Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями некоммерческой лицензии Creative Commons Attribution (http: // creativecommons.org / licenses / by-nc / 2.5), что разрешает неограниченное некоммерческое использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии правильного цитирования оригинальной работы.

    Непереносимость толерантного

    Вступление шведских демократов в парламент Швеции после выборов 19 сентября 2010 года означает, что последний европейский «бастион толерантности» пал. Когда в 1980-х и 1990-х годах праворадикальные партии добивались значительных успехов на выборах в других странах, избиратели в традиционных либеральных странах Северной Европы, таких как Дания, Нидерланды и Швеция, сопротивлялись их притязаниям.Теперь первые два являются одними из самых уступчивых проявлений нетерпимости: Датская народная партия Пиа Кьерсгаард с 2001 года твердо поддерживает правительства правых меньшинств в Дании, в то время как PVV (Партия за свободу) Герта Вилдерса начала разыгрывать аналогичная роль в Нидерландах.

    Но действительно ли бывшие «бастионы толерантности» стали такими же нетерпимыми (или даже более), чем другие европейские страны; и если да, то почему им потребовалось так много времени? Или есть что-то еще?

    Более пристальный взгляд на результаты исследования отношения граждан Европы позволяет увидеть более сложную и интересную картину.Большинство таких опросов показывают, что Дания, Нидерланды и Швеция по-прежнему относятся к числу наиболее толерантных стран в Европе (и, соответственно, в мире). Опрос Евробарометра (который, по общему признанию, проводился до последних достижений правых и даже расширения Европейского Союза) показал, что в среднем 14% людей в ЕС были классифицированы как нетерпимые — больше, чем в Нидерландах (11%) и Швеции ( 9%), а в Дании — 20%.

    Кроме того, эти страны получили высокие баллы по индексу тех, которые были оценены как «пассивно» или «активно» толерантные: по сравнению со средним показателем по ЕС 60%, Швеция набрала 76% (чуть ниже самого высокого, Испания), а Дания — 64%.Они также по-прежнему больше всего выступают за права геев и гендерное равенство.

    Напротив, есть некоторые свидетельства того, что Дания и Нидерланды, по крайней мере, выделяются по показателю негативного отношения к мусульманам (хотя, к сожалению, существует несколько соответствующих опросов, которые включают любую из трех исследуемых стран). Опрос Pew, проведенный в мае 2005 г., оценил голландцев как самых антимусульманских по некоторым показателям; Европейская комиссия против расизма и нетерпимости (ЕКРН) и Европейский центр мониторинга расизма и ксенофобии (ЕЦМК) выделили Нидерланды (и, в меньшей степени, Данию) за их исламофобский политический и общественный климат.

    Эти (опять же, по общему признанию, частичные) результаты показывают, что «бывшие» бастионы толерантности на самом деле все еще терпимы — только не по отношению к мусульманам. Более того, в этой конкретной нетерпимости к религиозной группе они обычно превосходят менее терпимые другие европейские страны. Почему?

    Возможное объяснение, которое может показаться парадоксальным, состоит в том, что это потому, что их общей социальной терпимости, а не вопреки этому, что эти страны стали одними из наиболее открыто исламофобских.

    Элементы перемен

    Логика аргумента состоит из трех частей: в отношении национализма, конформизма и самой толерантности.

    Во-первых, во всех трех странах толерантность была тесно связана с негативным отношением к этническому национализму и самовосприятием себя этой уникальной вещью, «ненационалистической нацией». Отчасти из-за того, как страны относились к своему опыту Второй мировой войны, национализм был почти неразрывно связан с нацизмом и Холокостом.Следовательно, этнонациональные дискурсы (не говоря уже о расовых) вызывали подозрение и избегались всеми, кроме подвергшихся остракизму крайне правых. Таким образом, в то время как праворадикальные партии в таких странах, как Австрия, Бельгия или Франция, могли связать свою антииммигрантскую борьбу с более широко разделяемыми национальными нарративами, этот вариант был недоступен в Дании, Нидерландах или Швеции.

    Во-вторых, большинство обычных граждан в этих странах идентифицируют себя как толерантные и в любом случае будут проводить самоцензуру там, где это считалось необходимым; но, кроме того, у их элиты было особое оружие в борьбе за «политкорректность» политики — конформизм.В конце концов, Северная Европа так же хорошо известна своим соответствием (которое традиционно подразумевает высокое доверие к государственным субъектам и институтам), как и своей терпимостью. Часто искренне про-мультикультурные элиты смогли убрать вопрос об иммиграции с повестки дня, , потому что самые нетерпимые люди были также и самыми конформистскими (это показано на примере Нидерландов Полом Снайдерманом и Луком Хагендурном, When Ways коллизии жизни: мультикультурализм и его недовольство в Нидерландах (2007).

    В-третьих, исследуемые страны (Дания, Нидерланды и Швеция) и их ближайшие соседи традиционно были и остаются одними из самых терпимых в Европе, особенно в отношении таких вопросов, как права женщин и права геев. Кроме того, сейчас они относятся к наименее религиозным обществам Европы с преобладающим светским большинством и ранее влиятельными религиозными интересами, которые теперь политически маргинализированы. В этом контексте легко рассматривать ислам как угрозу как национальному образу жизни, так и либеральной демократии, как ее понимают в этих странах.

    Аргумент двоякий. Во-первых, после десятилетий секуляризации ислам является (быстро) растущей религией, которая угрожает светскому консенсусу, возвращая религиозные вопросы в общественную повестку дня. Во-вторых, (ортодоксальный) ислам — и открыто выступающие мусульмане — открыто бросают вызов местным убеждениям в отношении гендерного равенства и прав геев, которые считаются фундаментальными аспектами либеральной демократии в этих странах. Следовательно, терпимые либеральные демократы выступают против нетерпимых мусульман.

    Подразумевается, что недавний рост антиисламских настроений в Северной Европе не является доказательством ни конца терпимости в Европе, ни европеизации этнического национализма.Вместо этого это проявление нетерпимости к толерантным, долгое время подвергавшееся (само) цензуре политической культурой антинационализма и конформизма. Тот факт, что (ортодоксальным) мусульманам можно противопоставить либерально-демократический дискурс — а не этнический-националистический — делает, наконец, политически приемлемым (и все более политически корректным) выражение этнических предрассудков в этих странах.

    Tolerance: Распространение информации: Design Observer


    Ankert, Будапешт, Венгрия

    Примечание: ПРОЕКТ ТЕРПИМОСТИ — это коллекция передвижных плакатов, которые прославляют и чтят отправную точку всех значимых дискурсов: терпимость.Свободный, гибкий и постоянно расширяющийся ПРОЕКТ ТЕРПИМОСТИ принес послание общественного признания более чем 100 000 человек в двадцати четырех странах мира. Художникам от каждой нации предлагается только проиллюстрировать слово «толерантность» на их родном языке. Плакаты появляются в общественных местах — в парках, университетских городках и даже в автобусах — таким образом, они привлекают широкий круг населения. Все это часть начала разговора об инклюзии, который может начаться только с фундамента терпимости и распространения уважения в мире, который все больше разделяется по расе, религии, сексуальности и национальному происхождению.


    Берут, Ливан

    Четыре года назад Мирко Илич, уроженец сербско-хорватского происхождения, дизайнер и иллюстратор из Нью-Йорка, создал графический дизайн для кинофестиваля в Доме толерантности в Любляне, Словения, в том числе фирменный стиль, логотип и плакаты в рамках сбора средств. Чтобы выразить признательность за его работу, через полтора года организаторы предложили Иличу небольшую площадь рядом с фестивалем с тридцатью площадками для плакатов, чтобы показать его работы.

    «Я не считал уместным злоупотреблять своим положением и использовать этот повод для саморекламы», — сказал он мне.Поэтому, думая о том, как заполнить это пространство, он пригласил двадцать одного всемирно известного художника, иллюстратора и дизайнера для создания плакатов на тему толерантности. Единственными инструкциями был размер плаката, они должны были написать слово «толерантность» на своем языке и поставить подпись со своей страной происхождения. «Менее чем через четыре недели я получил все двадцать один плакат» плюс два для заголовка и вступления. Спустя два с половиной года на выставке будет 133 плаката, и еще больше в пути.


    Бингемтон, Нью-Йорк, США

    Проблема с плакатами — эфемерность; один или два со временем могут оказать долгосрочное воздействие, но большинство из них погребено под кучами визуального беспорядка. Илич понимает, что ни один плакат или другое творческое занятие не может удовлетворить всех. «Если кто-то пройдет через шоу« Плакат толерантности »и если только один из 133 плакатов, которые у меня есть, коснется их сердца, значит, шоу будет успешным», — говорит он.


    MICA, Балтимор, Мэриленд, США

    Первоначально выставка в Любляне должна была быть разовой, но, видя, насколько красивы и мощны плакаты, установленные на площади, «я осознал, что, только показывая им, будет огромный пустая трата таланта », — признает он.Более того, ощущение важности шоу усилилось накануне его открытия. Ночью кто-то уничтожил один из плакатов, потому что он был на арабском языке, а несколько дней спустя были испорчены еще несколько плакатов. «Похоже, что у некоторых людей очень сильная реакция на толерантность», — вспоминает Илич. «Это было доказательством отсутствия толерантности. Но также и побуждение продолжить шоу ».


    Дубай, ОАЭ

    Это новая модель, которую нужно постоянно добавлять в передвижное шоу. Как Илич обновляет свои предложения — это приглашать художников из города, в котором они выставлены.«Люди не могут пригласить себя, хотя некоторые все же пытаются», — говорит он. Он приглашает людей двумя способами. «Каждый раз, когда я готовлюсь к предстоящей выставке, я приглашаю наиболее известных или интересных художников или дизайнеров из страны, где будет проводиться выставка. Таким образом, у меня может быть художник с местным голосом, с местными проблемами, со своим собственным взглядом на толерантность ». Затем, когда он находит художника, который может создать что-то новое и интересное, его тоже приглашают.


    Украина

    Основываясь на его обширном картотеке, он был арт-директором журнала Time International Edition, страницы журнала New York Times OpEd и организовывал выставки по другим международным темам, основная группа включала художников и дизайнеров Организации Объединенных Наций: Хамза Абделал — Объединенные Арабские Эмираты, Реза Абдини — Иран, Тарек Атрисси — Ливан, Петр Банков — Россия; Мишель Буве — Франция; Сью Коу — Англия / США; Мануэль Эстрада — Испания; Милтон Глейзер — США; Цзяньпин Хэ — Китай; Фонс Хикманн — Германия; Анетт Ленц — Франция; Мвалиму Саки Мафундиква — Зимбабве; Алехандро Магалланес — Мексика; Чаз Мавияне-Дэвис — Зимбабве; Новый коллективизм — Словения; Иштван Орош — Венгрия; Паула Шер — США; Юко Симидзу — Япония; Сарп Создинлер — Турция; Фелипе Таборда — Бразилия; Давид Тартковер — Израиль.Сейчас там 133 плаката с 7 континентов и 54 выставки на 24. Не все спрашивали, согласились, однако некоторые хотели, чтобы им заплатили. Никому не платят, и места проведения шоу (которое распространяется в цифровом формате, загружаемом в виде файлов с высоким разрешением в Интернете) должны изыскивать средства для изготовления физических артефактов и поиска мест.


    Дубровник, Хорватия

    Фактически, требование для получения шоу состоит в том, чтобы одна часть, если не все плакаты, была показана в общественном месте, где их могут видеть обычные люди.«Я всегда отчаянно пытаюсь избегать галерей и ярлыков дизайнерских шоу, потому что такие шоу в основном привлекают обычных подозреваемых, людей, которые уже посещали дизайнерские шоу и галереи», — настаивает Илич. Поскольку большинство представлений проходят в общественных местах, каждое представление направлено на использование пространства и финансовых возможностей того, кто проводит выставку. В Константинове, Украина, который был организован местными активистами без денег, все было напечатано на единственном доступном принтере, который мог печатать в формате таблоидов.За пару месяцев до этого в Любляне, Словения, были напечатаны такие же плакаты размером с рекламный щит (потому что шоу в то время спонсировалось рекламной компанией). Пару месяцев назад такие же плакаты появились на обертке городских автобусов Дубровника, потому что шоу спонсировал город Дубровник, Хорватия. «Ничего из этого нельзя планировать заранее. В тот момент, когда шоу согласовано, организаторы ищут наиболее эффективный способ размещения плакатов ». Иногда они не только печатаются, но и проецируются в цифровом виде, как в Солт-Лейк-Сити, штат Юта, Дубровник, Хорватия, и проекции в помещении в Джакарте, Индонезия.


    Солт-Лейк-Сити, Юта, США

    Это не всегда гладко, в том числе цензура, и Илич смирился с проблемами. «Есть много аспектов, почему у людей возникают возражения», — объясняет он. «Некоторые из них являются законными», в том числе два плаката со свастикой в ​​шоу (Гермс Фриц и Алекс Джордан), и есть несколько стран в Европе, где есть закон, запрещающий публичную демонстрацию даже не нацистских версий символа. В некоторых странах публичное отображение обнаженной натуры, даже если это статуя (Леонардо Сонноли), (Хосе Альбергария), также является незаконным.«Но некоторые вещи я не могу понять очень легко», — спрашивает он. «У меня был случай, когда потенциальный экспонент в Кувейте хотел показать только 40 плакатов из ста, которые у нас были в то время, потому что остальные шестьдесят были« неуместными ». Им не нужен плакат с танцующими людьми, потому что публичные танцы — это незаконно (Никлаус Трокслер) или плакат с целующимися ножами, потому что он был «слишком сексуальным», чтобы его показывать (Эдель Родригес). В таких условиях у нас не могло быть шоу ».


    Сианьский Евразийский университет, Китай

    Но самое странное возражение против шоу произошло в Соединенных Штатах — возражение против названия шоу.Они настаивали, что «толерантность» — это отрицательное название, и это делает шоу отрицательным. «Я потерял возможность получить грант от Sappi« Идеи, которые имеют значение », когда член жюри отказался предоставить проекту грант. . . и предложил назвать шоу «Инклюзия», а не «Толерантность». Я получил такой же комментарий из разных мест, но только здесь в Соединенных Штатах. Очевидно, у нас здесь какое-то недоразумение ». На сегодняшний день никаких грантов не поступало.


    Венеция, Италия


    Венеция, Италия

    И это серьезная проблема.«Толерантность» — международное шоу, в большинстве стран мира люди понимают значение слова «толерантность». Илич настаивает, что слово «включение» не распространяется на широкий круг языков. В некоторых странах, в которых проводилось шоу или которые хотели провести шоу, даже толерантность требует больших усилий. «Геев притесняют и избивают, их даже могут посадить в тюрьму. Самок по тем или иным причинам постоянно преследуют. Не говоря уже о притеснениях, которым подвергаются представители этнических и религиозных меньшинств.Для большинства из них терпимость — это то, чего они желают. Мы должны сначала добиться толерантности, чтобы даже говорить об инклюзии.

    Читайте также:

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *